減資的稅務處理分非上市公司和上市公司，前者有34號公告和41號公告分別規範企業股東和個人股東納稅行為，企業股東參照企業清算，個人股東參照股權轉讓；後者無據可循，一般參照二級市場交易規則處理，存在一定稅收漏洞。

股東收回對非上市公司的部分投資，或上市公司回購自身股票，都會導致公司註冊資本減少，稅務處理需分不同情況分別處理。

一、未到位資本減資
早期外商投資企業的註冊資本不是企業成立時一次性到位，而是分期繳納；現在成立企業，註冊資金到位時間由企業章程自行規定。所以存在公司申請減少的註冊資本，實際並未出資到位的情況，股東並未從企業分得任何財產，因此股東也無需繳納所得稅。

二、非上市公司到位資本減資
公司要同時減少註冊資本和實收資本時，需要編制財產清單，股東因減資而收到的財產，需要根據收益情況繳納所得稅。

1、個人股東
《國家稅務總局關於個人終止投資經營收回款項徵收個人所得稅問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第41號），要求個人股東按「財產轉讓所得」繳納20％個人所得稅，轉讓所得為個人股東收回投資取得的財產，減去實際出資額及相關稅費。

2、企業股東
《國家稅務總局關於企業所得稅若干問題公告》（國家稅務總局公告2011年第34號）規定，投資人減資取得的財產，相當於初始投資的部分，作為投資成本回收；相當於被投資企業累計未分配利潤、累計盈餘公積按減少實收資本比例計算的部分，確認為股息所得；其餘部分確認為財產轉讓所得。

回收財產被分成三部分，每部分的稅務處理各不相同：作為投資成本回收，無需繳納所得稅；股息所得部分，投資人為內資企業的，無需繳納所得稅，投資人為非居民企業的，則需繳納10％所得稅；財產轉讓所得部分，投資人為內資企業時，需併入其當年經營所得一併繳納所得稅，投資人為非居民企業的，則需繳納10％所得稅。

假設A、B、C三家公司分別出資30萬、50萬和20萬合資成立甲公司，ABC分別持股30％、50％和20％，註冊資本全部到位。後C公司將其持有的15％股權以25萬的價格出售給D公司。兩年後D公司完全退出甲公司，甲公司註冊資本減至85萬。D公司退出時甲公司淨資產為：實收資本100萬，保留盈餘（未分配利潤及盈餘公積）200萬，合計300萬。

企業股東回收財產分配試算:

回收財產分配若D公司從甲公司
收回財產50萬若D公司從甲公司
收回財產70萬收回的
投資成本25萬25萬相當於
利潤分配的部分25萬
（＝50萬−25萬）30萬
（＝200萬＊15％）相當於
財產轉讓所得部分015萬
（＝70萬−25萬−30萬）

3、減資的特殊情況
以上均為公司盈利情況下的減資稅務處理，實務中還存在公司虧損，申請減資後並無資產分配給股東的情況，或分配財產低於股東享有的註冊成本，例如公司減資10萬元，但實際付給股東7萬元，3萬元相當於股東放棄股權或向被投資公司捐贈資產。投資方沒有完全收回投資成本，無需繳納所得稅。對於被投資企業，則需要考慮對其所得稅的影響。

根據《國家稅務總局關於企業所得稅應納稅所得額若干問題的公告》（國家稅務總局公告2014年第29號）規定，如果減資合約中約定減資部分計入資本公積，並且帳務處理為借記「實收資本」、貸記「資本公積」，則被投資企業無需繳納所得稅。否則，被投資方要按公允價值計入營業外收入，繳納所得稅。

三、上市公司回購股本
上市公司可以透過回購股票方式減少註冊資本，目前並無文件規範股東在減持過程中的所得稅。從實務看，一般認為上市公司回購業務中，股東的稅務處理與其在二級市場正常交易的稅負一致，即個人股東的原始股徵收20％個人所得稅，個人股東從二級市場購入的股票免徵個人所得稅；企業股東按財產轉讓所得繳納所得稅。這樣的處理方式存在一定的稅務漏洞。

上市公司回購股本並註銷，帳務處理是依次衝銷股本、資本公積−股本溢價、未分配利潤。對個人股東而言，對應未分配利潤部分，本來可能需要繳納10％或20％個人所得稅，但現在的處理是上市公司的未分配利潤衝銷了，而個人股東沒有納稅，減少了稅基。