2016年1月29日，科技部、財政部、國家稅務總局聯合發佈《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2016〕32號，以下簡稱「新辦法」），對高新技術企業認定條件、後續管理等方面，較2008年的管理辦法（國科發火〔2008〕172號，以下簡稱「舊辦法」）做出調整。

一、認定條件的變動

1、知識產權要求略趨嚴格
高新技術企業仍然要求擁有核心技術的知識產權，但對取得方式要更為嚴格。舊辦法規定企業知識產權取得途徑有自主研發、受讓、受贈、併購、通過五年以上的獨占許可，新辦法刪除了「通過五年以上的獨占許可」方式，更加強調自主擁有，以排除獨占許可方式對授權方的依賴。

2、科技人員要求降低
舊辦法規定：具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的30％以上，其中研發人員占企業當年職工總數的10％以上。新辦法中將「具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的30％以上」刪除了，不再對科技人員學歷、人數做出限制，可以說是本次修改最大利好。在過去的實踐中，許多企業在生產環節需要投入大量人力，其中資深科技人員很多為技校或職校畢業，致使具有大專以上學歷的科技人員在全體職工中的比例難以達到30％的要求，取消限制後，將會有更多的公司符合「高新」的要求。

3、研發支出要求略微降低
企業的研發經費是判斷其持續研發和創新能力的一個重要指標，新舊辦法對此都有規定，較舊辦法，新辦法有所放寬，最近三年，每年銷售收入不超過人民幣（下同）5,000萬元的企業，研發費支出比例從不低於當年收入的6％調整為5％，降低了研發費支出的要求。銷售規模超過5,000萬元不超過2億，比例不低於4％，銷售規模超過2億，比例不低於3％，則沒有變化。

4、安全生產和環保新要求
與舊辦法相比，新辦法對高新技術企業的要求增加了一條：申請認定前一年內，沒有發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為。

二、提交材料和認定程序的變化

1、提交材料的變化
新辦法中要求企業提交最近三年的研發費支出專項審計報告、最近一個年度高新產品收入專項審計報告、最近三年財務審計報告（包括會計報表、報表附註、財務狀況說明），而舊辦法除此之外，還要求最近三年財務審計報告中要有技術性收入的情況表。

另外，新辦法還要求企業提交近三個會計年度企業所得稅年度申報表，即所得稅匯算清繳報表。

2、認定程序的變化
首先專家組認定後的公示時間從15個工作日調整為十個工作日，縮短了認證時程。

其次，新辦法取消了「複審」。舊辦法規定，高新證書期滿前三個月內提出複審申請，否則高新證書失效。複審重點審查研發費支出比例的合規性，然後就是公示程序，相對較為簡單。複審通過高新證書有效期三年，再次期滿後，按完整程序重新認定。新辦法取消複審的規定，高新證書三年有效期到期後，企業是否需要按完整認證程序重新認定尚不明確。

三、後續管理的變化

1、變嚴格的地方
高新技術企業認定條件放寬，高新技術企業在申請所得稅優惠政策時，只需填寫《企業所得稅優惠事項備案表》並提交高新技術企業證書備案即可，無需審批，所以對高新技術企業的後續管理變得更為嚴格。

高新技術企業自認定後第二年起，每年5月底前，要在「高新技術企業認定管理工作網」（http://www.innocom.gov.cn/）填報上一年度知識產權、科技人員、研發費用、經營收入等年度情況。累計兩年沒有填報年報的，高新資格將被取消。

2、變寬鬆的地方
當然也有些事後監管變得更為寬鬆。舊辦法規定，發現企業有偷稅、騙稅行為的，將取消高新資格。新辦法將這一條刪除了。稅收徵管法中定義的偷稅，包括納稅人通過多列支出、少列收入以達到少繳稅款的行為。企業可能發生多列增值稅進項以致少繳增值稅的行為，這種行為的發生也許並非企業主觀故意為之，而是因為財務人員專業水平所限或工作不夠細緻，比如沒有弄清楚增值稅進項不可抵扣的範圍導致多抵扣進項等，因為這樣的原因而取消高新資格，對企業而言過於嚴厲。

舊辦法規定被取消高新資格的企業，五年之內不能再申請高新資格。新辦法取消了這一規定，給了企業更多申請優惠資格的機會。

四、高新領域調整

2008年到現在，技術日新月異，應用領域越來越寬廣，所以新辦法對國家支持的高新技術領域也做了調整，比如基礎軟件裡增加了雲服務的內容，社會服務中增加了互聯網教育的內容等。