2013年，新三板向全國符合條件的非上市股份有限公司開放，至此新三板已成為繼上海證券交易所、深圳證券交易所之後的第三大全國性證券交易所。自新三板面向全國開放以來，掛牌企業呈現井噴式增長，到目前為止，掛牌企業家數已超過在上海證券交易所、深圳證券交易所上市公司家數的總和。因企業在新三板掛牌門檻較低，出現了掛牌企業規模、股本、營業收入、估值等指標參差不齊的局面，掛牌企業發展的速度和進度也有很大差異。為改善該現狀，新三板主管機關─全國股轉系統公司在中國證監會的指導下推出分層制度，根據掛牌企業的規模、股本、營業收入等標準，大致將新三板初步分為兩層：創新層、基礎層。

創新層為上述分層制度中標準較高的一層，是否處在「創新層」對掛牌公司流動性、估值、融資等影響較大。全國股轉系統公司設置了掛牌公司所在層次維持標準和層次調整的具體方法，這有利於推動掛牌公司提高公司治理水準，保證處在維持標準以上。分層制度實施後，將對新三板產業鏈上的掛牌公司、證券公司、PE投資者、仲介機構都將產生影響，不僅有助降低投資者資訊搜索成本，也有利於監管部門分類服務、分層監管，更好地滿足中小微企業的差異化需求。

按照分層方案徵求意見稿，起步階段將掛牌公司劃分為創新層和基礎層。設置三套並行標準，篩選出市場關注的不同類型公司進入創新層。基礎層主要針對掛牌以來無交易或交易極其偶發且尚無融資紀錄的企業，還包括有交易或者融資紀錄但暫不滿足創新層准入標準的企業。

創新層公司優先進行制度創新的試點，基礎層公司繼續適用現有的制度安排。

徵求意見稿設定的創新層標準為：標準一：淨利潤＋淨資產收益率＋股東人數

（1）最近兩年連續盈利，且平均淨利潤不少於人民幣（下同）2,000萬元（淨利潤以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；

（2）最近兩年平均淨資產收益率不低於10％（以扣除非經常性損益前後孰低者為計算依據）；

（3）最近三個月日均股東人數不少於200人。

標準二：營業收入複合增長率＋營業收入＋股本

（1）最近兩年營業收入連續增長，且複合增長率不低於50％；

（2）最近兩年平均營業收入不低於4,000萬元；

（3）股本不少於2,000萬元。

標準三：市值＋股東權益＋做市商家數

（1）最近三個月日均市值不少於6億元；

（2）最近一年年末股東權益不少於5,000萬元；

（3）做市商家數不少於六家。

在達到上述任一標準的基礎上，須滿足最近三個月內實際成交天數占可成交天數的比例不低於50％，或者掛牌以來（包括掛牌同時）完成過融資的要求，並符合公司治理、公司運營規範性等共同標準。

分層制度實施後，在「創新層」的掛牌公司因流動性、估值、融資等影響較大，可以供投資者選擇，由此減少投資者篩選成本和風險程度。處於其他層面的掛牌企業也將努力提高自身的業務發展方向，被激勵向創新層邁進。分層制度實施後，全國股轉系統公司對掛牌公司資訊披露的要求程度進一步提高，掛牌公司應嚴格履行資訊披露義務，從而提高新三板掛牌公司的整體治理水準。針對不同層次市場，全國股轉公司還設置了維持標準和層級調整的具體方法，促使掛牌公司盡力保證處在維持標準之上，那些長期無法進入「創新層」的公司則會選擇退出新三板市場，從而令新三板摘牌制度也逐漸完善。