現行諸多台商個人因生活及經濟重心都在中國大陸，每年回台天數短於31天，或是其在台已無戶籍並且一年在台居留不超過183天，依上述認定原則此類台商個人即有可能認定為非台灣納稅居民，進而不適用於台灣端兩岸租稅協議。

財團法人海峽交流基金會及海峽兩岸關係協會於104年8月25日簽署「海峽兩岸避免雙重課稅及加強稅務合作協議（以下簡稱兩岸租稅協議）」。兩岸租稅協議的主要內容，可分為一、適用範圍；二、減免稅措施；三、爭議解決及稅務交流合作機制；四、防杜逃漏稅措施。

在適用範圍中即規定「適用對象係指：於一方或雙方之居住者（居民）」。在台灣方面有關居住者的認定，是規定於所得稅法第7條第2項第1款，該款規定台灣境內居住之個人，指下列兩種：一、在台灣境內有住所，並經常居住台灣境內者。二、在台灣境內無住所，而於一課稅年度內在台灣境內居留合計滿183天者。而以往一般稅務認定上，係以在台有無戶籍作為在台有無住所的認定標準。

另有關境內居住者的認定原則亦可參考財政部於民國101年9月27日發布台財稅字第10104610410號函釋，其中具體釋明台灣境內居住之個人係指：個人於一課稅年度內在台灣境內設有戶籍，且有下列情形之一者：1、於一課稅年度內在台灣境內居住合計滿31天。2、於一課稅年度內在台灣境內居住合計在一天以上未滿31天，其生活及經濟重心在台灣境內。

現行諸多台商個人因生活及經濟重心都在中國大陸，每年回台天數短於31天，或是其在台已無戶籍並且一年在台居留不超過183天，依上述認定原則此類台商個人（以下簡稱無根台商）即有可能認定為非台灣納稅居民，進而不適用於台灣端兩岸租稅協議。另現行多數台商係透過境外第三地控股公司轉投資中國大陸，雖然在兩岸租稅協議中訂有「實際管理處所」之認定標準，但多數台商所使用之境外第三地控股公司均無準備相關財務報表及帳冊，亦無相關董事會開會情形，故仍可能無法被判定實際管理處所在台灣。故在前述情形下，無根台根或是其境外控股公司不符合實際管理處所在台認定之轉投資案件，均有可能形成無法適用兩岸租稅協議的可能。

另就無根台商在中國大陸的主要收入來源分析，無根台商在中國大陸的主要收入不外乎來自薪資所得、股利所得（盈餘匯回）、利息所得、處分資產利得。在兩岸租稅協議生效後，薪資所得並無影響，股利所得及利息所得之扣繳稅率由原本之10％分別降為5％及7％，而處分資產利得則是視資產種類而定，如處分股權利得則將課稅權留給台灣端；如處分不動產則中國大陸仍有課稅權。惟無根台商若欲享受租稅協議之優惠稅率，並主張其在中國大陸所繳納之所得稅可扣抵台灣的所得稅，即必需依台灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，將前述該等來源於大陸地區的所得，誠實併同於台灣地區來源所得申報所得稅。而現行台灣綜合所得稅率最高提高至45％，故兩岸租稅協議實際上會對無根台商產生多少適用誘因，尚仍待觀察。

另就資本市場來看，現行在中國大陸的無根台根企業可透過境外股權重組的方式，以海外企業模式來台申請第一上市櫃。在過去，台灣籍股東在境外股權重組的過程中，若產生處分利得，在台灣端屬台灣納稅居民的海外所得（間接投資）或是大陸地區來源所得（直接投資）；在大陸端則分屬2010年698號文（間接投資）及2009年59號文（直接投資）的適用範圍。在未來兩岸租稅協議生效後，中國大陸將股權處分利得的課稅權留給台灣，故台灣國稅局在未來海外企業回台上市的案件上的查核力度及方式，也可能會影響無根台商回台申請上市的意願。

另就已掛牌的海外企業（即F股）來看，現行台灣股東獲配F股上市公司之股利屬海外所得（有670萬的免稅額；以及單一稅率20％），但若掛牌的開曼公司被認定為實際管理處所在台灣，其未來分配股利性質是否會被視為是台灣境內的股利收入而最高課徵45％的所得稅，仍亦有待相關主管機關的說明。

綜上，兩岸租稅協議現行尚未經立法院通過，期待未來生效前相關稅務適用上的疑慮，會有進一步的解釋及說明。