租稅協議遵循不溯及既往、不用於刑事偵查、不作稅務外用途、非具體個案不提供的四不原則，且在營業利潤、股息利息、權利金、財產轉讓及個人勞務等方面，大陸都做了一定程度的讓稅，其中對於台商轉讓大陸公司股權的收益，收稅權由大陸轉給台灣，這對台商大陸上市前的架構重組帶來影響。

《兩岸避免雙重課稅及加強稅務合作協定》（以下簡稱：租稅協議）於2015年8月25日簽署，待雙方各自完成相關程式後的次年1月1日起實施。台商如果想在大陸上市，因不能有同業競爭的規定，致使台商上市前一般要架構重組，目前股權重組是否徵稅主要由大陸稅務機關管轄，租稅協議生效後，明確為台灣稅務管轄，具體分析如下：

一、引入實際管理機構的概念
早年台商投資大陸一般經由第三地轉投資，租稅協定考慮兩岸特殊情況，引入實際管理機構的概念。凡同時符合下列規定的，無論是在開曼、維爾京、薩摩亞或香港控股，都可認定為台灣企業，依台灣稅法納稅。

1、作出重大經營管理、財務管理及人事管理決策的人為台灣居住者，或總機構在台灣。
2、財務報表、會計帳簿、董事會議事錄或股東會議事錄的製作或儲存在台灣。
3、實際執行主要經營活動的處所在台灣。

所以對於間接投資大陸的台商，第三地控股公司如果享受租稅協議的優惠條款，台商需提供上述資料，向台灣稅務機關申請認定其實際管理處所在台灣。

二、對架構重組的影響
舉例來說，台灣居民甲在BVI註冊一家公司A，並通過A投資大陸兩家同行業公司B及C。因B和C是同業，所以甲必須選擇其中一家作為上市主體，假設選擇B公司，B公司要從A公司購買C公司的100％股權，同時B公司將部分股權給乙公司成立外商獨資公司後改制為股份有限公司，以符合大陸IPO要求。

目前大陸稅務的做法：B公司購買C公司的股權，依財稅﹝2009﹞59號文可以適應特殊性稅務處理不用繳稅。A公司轉讓B公司部分股權給乙，A公司股權轉讓收益的10％稅款，由B公司代扣代繳。因股權轉讓等都是在第三地BVI完成，實務中，由於台灣稅局難以掌握大陸公司股權轉讓整體狀況，所以台灣稅局一般不徵稅。上市時，大陸稅務局出具合規證明。整個架構重組即可圓滿完成。

租稅協議生效後，上述架構重組的徵稅權由大陸轉給台灣。一般而言：如果甲不提供前述的相關資料，即甲不去認定BVI的A公司為實際管理處所在台灣的公司，則台灣稅務機關不會主動認定，即不會主動徵稅。按照租稅協議規定：如果台灣對該項收益免稅，且在轉讓前12個月內，持股比例超過或曾經超過25％的，大陸可以課稅。上市時，如果大陸稅務局要求B公司提供台灣稅務機關的免稅證明，才予以開具合規證明的話，這會給大陸上市帶來困難。

依現行兩岸人民關係條例，對台灣居民來源於大陸地區的所得，須被視為等同於來源於台灣的所得，不管是投資大陸的股利、處分股權收益等，均應申報綜所稅。只是實務中很少台商會主動申報。如果甲提供前述的相關資料，甲去認定BVI的A公司為實際管理處所在台灣的公司，則A公司以後的稅務則完全被台灣掌握，不僅股權轉讓要被徵17％營所稅，若A公司再把稅後盈餘分給台灣股東甲，甲還要再繳5％∼45％綜合所得稅，其稅負遠遠高於大陸的課稅。

台灣上市上櫃公司透過第三地投資的大陸子公司在大陸上市過程因股權轉讓要確認投資收益，利潤分配也不可能被股東隨意支取，所以對這種類型的公司，因資訊的透明及核算上的規範，則其上市前的架構重組影響較小。

對準備進行股權轉讓、送件申請上市的台商來說，最好是在協議正式生效前完成相關股權轉讓動作。租稅協議約定：「雙方同意建立兩岸稅務聯繫機制，由雙方稅務主管部門協商解決因解釋或實施本協議時所發生的困難或疑義⋯⋯」所以，要密切關注日後兩岸稅務機關公佈的納稅細則。