早期的台資企業來大陸進行投資，通常會通過一層又一層以上的境外控股公司間接投資大陸。隨著大陸市場容量不斷擴大，很多台資企業經營重點向大陸轉移，能在大陸成功上市是台資企業在大陸提高競爭力有效的手段之一。近年來，擬IPO台資企業為滿足大陸上市要求，對境外投資架構進行重組時，往往會被課徵高額的企業所得稅，增加了企業上市的成本。隨著大陸進一步優化企業兼併重組市場環境，大陸國稅總局近期出台了一些新稅收法規，台資企業IPO過程中，對符合條件的境外架構重組可以實現免稅。

台資企業IPO時，為了滿足大陸上市要求，往往需要整合擬上市公司資源、避免同業競爭或減少關聯交易，從而對集團架構內企業進行重組。台資企業並未因為該股權架構調整獲得其他額外收入，因此，在重組過程中被大陸稅務部門課稅讓台資企業倍感無耐。近期國稅總局頒布的新規對台灣企業境外股權架構的重組比較有利。

一、對台資企業境外間接轉讓大陸股權所採用穿透原則趨於合理

1、原法規對穿透原則規定
根據《國家稅務總局關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函【2009】698號，以下簡稱698號文）精神：境外投資方通過濫用組織形式等安排間接轉讓中國居民企業股權，且不具有合理的商業目的，規避企業所得稅納稅義務的，稅務機關有權運用穿透原則進行徵稅。其中濫用組織形式通常指透過免稅地註冊的控股公司，而合理商業目的因判斷標準不明也多為稅務部門採用，納稅人難於依法舉證。
稅務機關根據698號文規定查補了大量境外企業間接股權轉讓稅款，與納稅人圍繞境外企業間接股權轉讓也產生了一些爭議。例如：698號文是針對於企業所得稅，而台灣個人轉讓境外公司股權有被要求繳稅。
例一：台資A公司持有境外B公司100％股權、B持有C公司100％股權，C公司投資大陸D公司（B公司、C公司均為BVI公司），為簡化上市股權架構，B公司將C公司的股權轉讓給A公司。D公司註冊資本折人民幣（下同）10,000萬元，D公司現有淨資產評估價值15,000萬元，按698號文該股權轉讓會被視同直接轉讓大陸公 司D公司的股權課徵企業所得稅，需要繳稅500萬元﹝（15000－10000）×10％﹞。
隨著《國家稅務總局關於非居民企業間接轉讓財產企業所得稅若干問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第7號，以下簡稱7號公告）頒佈，698號文中關於穿透原則條款失效。

2、7號公告對境外股權間接轉讓適用穿透原則規定
該公告明確了集團公司內部間接轉讓大陸股權如何適用安全港規則等納稅人關心的問題，境外企業間接轉讓大陸股權具有合理的商業目的，則無需穿透繳稅，其中：合理商業目的，指同時符合以下條件：
（1）股權的轉讓方及受讓方屬於同一控制下企業，一方持有另一方或同時被第三方持有80％以上的股份。但如果轉讓的股權50％以上（不含50％）價值直接或間接來自於不動產的，則上述比例需達到100％。
（2）本次間接轉讓交易後若再次發生的間接轉讓交易相比在未發生本次間接轉讓交易情況下的相同或類似間接轉讓交易，其中國所得稅負擔不會減少。
（3）公司要以本公司或與其具有控股關係的企業的股權（不含上市企業股權）支付股權交易對價。
例二、同例一中股權轉讓，如果A公司是以股權支付的方式間接收購C公司，則會被認定有合理商業目的，無需穿透繳稅。
因此，台資企業IPO時以間接股權轉讓方式簡化境外股權架構、實現集團架構整合，應合理規劃境外股權間接轉讓形式，以符合上述規定不用繳稅。

二、台資企業境外股權直接落地仍需要繳稅
根據59號文規定，涉及大陸境內與境外之間（包括港澳台地區）的股權轉讓的，還應同時符合境外企業向其100％直接控股的另一境外企業轉讓其擁有的大陸企業股權等，才可選擇適用特殊性稅務處理規定。
台資企業境外股權直接落地，因不能滿足上述要求需要課稅。大陸稅務機關若能參考間接轉讓境外股權的思路，將直接控制改為直接或間接控制，對IPO企業股東落地將是一個重大利好。