大陸司法實踐認為，借款人因借款關係對銀行負有的還款義務，與銀行因存款關係對借款人負有的返還金錢義務，並相同種類的債務，因此不能主張法定抵銷，而必須以書面約定的方式進行。

大陸合同法規定，只有當「互負到期債務，該債務的標的物種類、品質相同的」當事人才可以行使法定抵銷權，對於標的物種類、品質不相同的，則需要協商一致方可行使約定抵銷權。實務中，大陸銀行授信合同版本中通常會約定：如果借款人未按銀行要求的時間和金額履行付款責任，銀行有權從借款人在銀行及其他分支機搆開立的其他帳戶中扣收。之所以這麼約定的原因恰恰在於，大陸法院將銀行和客戶之間的存款關係認定為保管關係，與借款關係不屬於種類、品質相同的債務，因此銀行不能行使法定抵銷權。

對於抵銷，台灣的民法規定「二人互負債務，而其給付種類相同，並均屆清償期者，各得以其債務，與他方之債務，互為抵銷。但依債之性質不能抵銷，或依當事人之特約不得抵銷者，不在此限。」從內容來看，台灣法律允許銀行對「一般存款」主張法定抵銷，但是「依債之性質不能抵銷」的除外，比如「支票存款」（性質具有委任契約關係）則不能抵銷。

從操作層面來看，在大陸設立的銀行可能還會遇到如下問題：

第一，貸款銀行是否可以對借款人在大陸其他分（支）行的存款行使抵銷權？從法律地位上來看，商業銀行分行並不具有法人資格，其民事責任由總行承擔，因此A分行對客戶的債權，以及B分行對該客戶所負的存款支付義務，歸根到底均歸屬於總行，即實際上是總行對客戶的存款行使抵銷權。

需要注意的是，如果貸款銀行是大陸分行，而存款行系大陸之外的地區，則屬於跨境抵銷情形，境外聯行帳戶的借款人資金如何匯入境內貸款銀行，對此並沒有明確的規定。

第二， 貸款銀行是否可以對借款人的非貸款幣種存款行使抵銷權？由於貨幣的性質屬於種類物，非特定物，因此屬於同種類的標的物，況且不同幣種本身是可以通過兌換進行替換，因此對不同幣種行使抵銷權是可行的。為避免爭議，也可以事先約定兌換匯率按照銀行扣劃時公佈的外匯牌價折算。

第三，對於超過訴訟時效的債權能否行使抵銷權？對此，兩岸差異較大。台灣民法第337條規定：「債之請求權雖經時效而消滅，如在時效未完成前，其債務已適於抵銷者，亦得為抵銷。」即意味著，在可用於抵銷 另一項債權時，該債權的時效未消滅的，則可以行使抵消權。而大陸合同法並未對超過訴訟時效的債權能否行使法定抵銷權做出明確規定，由此造成司法實踐中存在兩種觀點，一種觀點認為，鑒於超過訴訟時效的債權不再受法律保護，不能行使抵銷權；而另一種觀點認為，超過訴訟時效的債權，對於債權人而言其喪失的僅是勝訴權，實體債權仍是存在的，因此只要債權人雙方互負到期債權，符合合同法規定的種類、品質相同要件，即便超過訴訟時效仍可以行使抵銷權。由於實務中對此並無定論，我們建議還是謹慎為之，積極採取催收手段使訴訟時效得以中斷重新計算，進而不會對銀行行使抵銷權造成法律上的障礙。