自貿區內查帳徵收的企業以非貨幣性資產對外投資等資產重組行為而產生的資產評估增值部分，可在不超過五年期限內分期繳納所得稅。

根據《國務院關於印發中國（上海）自由貿易試驗區總體方案的通知》（國發〔2013〕38號）有關規定，國家稅務總局陸續頒布《關於中國（上海）自由貿易試驗區有關進口稅收政策的通知》（財關稅〔2013〕75號，簡稱75號文）、《關於中國（上海）自由貿易試驗區內企業以非貨幣性資產對外投資等資產重組行為有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2013〕91號，簡稱91號文），具體分析如下：

一、75號文的進口稅收政策

1、自貿區內生產企業和生產性服務業企業可免稅進口所需的機器、設備等貨物，但生活性服務業等企業進口的貨物以及法律、行政法規和相關規定明確不予免稅的貨物除外。

2009年起大陸非海關特殊區域內企業購買固定資產的進項稅額可以抵扣，即使取得免稅額度的企業進口設備可免予繳納進口關稅但需繳納進口增值稅。自貿區內生產企業和生產性服務業企業進口設備免予繳納關稅、增值稅可減少資金佔用，從而降低區內企業經營成本。

2、自貿區內的企業生產、加工並經「二線」銷往內地的貨物照章徵收進口環節增值稅、消費稅。根據企業申請，試行對該內銷貨物按其對應進口料件或按實際報驗狀態徵收關稅的政策。

企業加工的保稅產品內銷時可自行選擇按材料還是成品補繳關稅、增值稅，將進一步降低企業內銷貨物的關稅負擔水準，提高企業競爭力。

值得注意的是，除上述進口稅收政策外，自貿區所屬的上海外高橋保稅區、上海外高橋保稅物流園區、洋山保稅港區和上海浦東機場綜合保稅區分別執行現行相應海關特殊監管區域的稅收政策。

二、91號文的非貨幣性資產對外投資增值部分可分期繳納所得稅政策

1、遞延納稅
自貿區註冊並在區內經營且實行查帳徵收的居民企業，因非貨幣性資產對外投資等資產重組行為產生資產評估增值，可在不超過五年期限內分期繳納所得稅；非貨幣性資產轉讓所得額＝該資產經評估後的公允價值－該資產的計稅基礎。

並不是說所有的企業申請遞延納稅比較有利，若當年度企業對外投資的非貨幣性資產轉讓所得總額小於累計可未彌補虧損，為避免未彌補虧損額超過五年無法彌補以及稅款資金佔用，建議將當年度的非貨幣性資產轉讓所得總額全額計入當年應納稅所得額，而不享受遞延納稅的優惠。

2、收入確認時點
企業以非貨幣性資產對外投資，應於投資協定生效且完成資產實際交割並辦理股權登記手續時，確認非貨幣性資產轉讓收入的實現。

3、投資企業的股權計稅基礎
投資企業取得股權的計稅基礎應以非貨幣性資產的原計稅基礎為基礎，加上每年計入的非貨幣性資產轉讓所得，逐年進行調整。若企業在對外投資五年內轉讓上述股權或投資收回，應停止執行遞延納稅政策，並將遞延期內尚未計入的非貨幣性資產轉讓所得，在轉讓股權或投資收回當年的企業所得稅年度匯算清繳時，一次性計算繳納企業所得稅；若企業在對外投資五年內註銷，應停止執行遞延納稅政策，並將遞延期內尚未計入的非貨幣性資產轉讓所得，在歇業當年的企業所得稅年度匯算清繳時，一次性計算繳納企業所得稅。

上述取得股權的計稅基礎逐年調整，正是考慮到五年內股權發生轉讓或收回情況時，股權持有時間越短，調整的股權計稅成本越少，轉讓時的所得額就越高，企業就達不到遞延繳稅的目的。同樣，如果企業五年內轉讓投資或企業本身註銷，也無法再享受上述延遲納稅的優惠。

企業應於投資協定生效且完成資產實際交割並辦理股權登記手續30日內，持相關資料向主管稅務機關辦理遞延納稅備案登記手續。根據《國家稅務總局關於印發〈稅收減免管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發〔2005〕129號）的規定，納稅人享受備案類減免稅，應提請備案，經稅務機關登記備案後，自登記備案之日起執行。納稅人未按規定備案的，一律不得減免稅。因此，企業應在規定時間內，持相關資料向主管稅務機關辦理遞延納稅備案登記手續後方可適用91號文。