為平衡及解決跨地區經營總分支機構企業所得稅的徵收問題，57號公告與其之前的法規相比不僅調整了「三因素」的表述和口徑、改變「三因素」所屬區間，而且還重點明確了總分支機構查補稅款如何繳納。

為加強跨地區經營匯總納稅企業所得稅的徵收管理，國家稅務總局2012年12月27日頒布《關於印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅徵收管理辦法》的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號，簡稱57號公告），與之前《關於印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅徵收管理暫行辦法》的通知》（國稅發〔2008〕28號 ，簡稱28號通知）相比主要存在以下變化：

調整「三因素」的表述和口徑
57號公告將28號通知「三因素」中的「經營收入」改為「營業收入」、「職工工資」調整為「職工薪酬」，對「資產總額」的解釋不再排除無形資產。57號公告規定分支機構上年度全年的營業收入、職工薪酬數據和上年度12月31日的資產總額數據，是依照國家統一會計制度的規定核算的數據。「三因素」是會計核算數據，而不是《企業所得稅法》規定的概念，不需要進行納稅調整，可以提高「三因素」的確定性，減少總分支機構主管稅務機關之間的分歧。

改變「三因素」所屬區間
57號公告改變了28號通知對「三因素」所屬區間「1－6月份按上上年度，7－12月份按上年度」的原有計算方式，規定分支機構分攤比例方法一經確定，除出現符合條件的特殊情形外，當年一般不作調整，即在當年預繳稅款和匯算清繳時均採用同一分攤比例。即使季度預繳分攤採用的「三因素」與其後經過註冊會計師審計的「三因素」數據存在差異，總分支機構分攤比例也不作調整，保證了一個納稅年度內上半年預繳、下半年預繳以及匯算清繳都採用一個所屬區間的「三因素」數額計算分配比例，保證了年度內分攤比例的一致性。更解決了新設立企業第二年上半年因沒有上上年度「三因素」數額而無法參與就地分攤繳稅的難題。

總分支機構參與匯算清繳稅款分配
28號通知規定總機構進行匯總納稅企業的所得稅匯算清繳，各分支機構不進行企業所得稅匯算清繳，匯繳補退稅皆由總機構通過中央國庫辦理，總機構所在地稅務機關也不參與就地分享。57號公告規定由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，同時按照57號公告規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。

57號公告規定匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構並不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳、應退的稅款，就地申報補退稅，其改變了匯繳補退稅均通過中央國庫辦理，總分支機構稅務機關都不參與就地分享的做法。

總分支機構查補稅款如何繳納
28號通知並未明確總分支機構查補稅款如何繳納，57號公告對總分支機構查補稅款如何繳納規定如下：

（1）若分支機構稅務機關查補稅款時，分支機構應將查補所得稅款的50%分攤給總機構繳納，50%分攤給該查補分支機構就地辦理繳納稅款，即其他分支機構不參與查補稅款的分配。

（2）若總機構稅務機關查補稅款時，總分支機構需視同季度預繳，按照57號公告規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳稅款。

除上述差異外，57號公告還明確當年撤銷的分支機構自辦理註銷稅務登記之日起不參與分攤，不再從第二年起才不參與分攤。值得注意的是，57號公告自2013年1月1日起執行，考慮到總分支機構企業所得稅「按年計算，分月或分季預繳，年終匯算清繳」的特點，2012年度總分支機構企業所得稅匯算清繳時仍適用28號通知，即57號公告真正開始執行時間為2013年1季度企業所得稅納稅申報。