根據《關於合夥企業合夥人所得稅問題的通知》（財稅〔2008〕159號）規定，合夥企業不是納稅主體，每個合夥人為納稅義務人。投資人是自然人的，徵收個人所得稅；投資人是法人或其他組織的，繳納企業所得稅。

一、生產經營所得

合夥企業的生產經營所得，指企業在每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的餘額，相當於通常意義上的企業「利潤總額」。根據財政部國家稅務總局《關於調整個體工商戶個人獨資企業和合夥企業個人所得稅稅前扣除標準有關問題的通知》（財稅〔2008〕65號）規定，在成本、費用中的一些特殊扣除項目應符合規定比例：

1、合夥企業投資者本人的費用扣除標準統一確定為42,000元／年（3,500元／月），如果為外籍個人，扣除標準為57,600元（4,800元／月），投資者的工資不得在稅前扣除。

2、向其從業人員實際支付的合理的工資、薪金支出，允許在稅前據實扣除。

3、撥繳的工會經費、發生的職工福利費、職工教育經費支出分別在工資薪金總額2%、14%、2.5%的標準內據實扣除。

4、廣告費和業務宣傳費用不超過當年銷售（營業）收入15%的部分，可據實扣除；超過部分，准予在以後納稅年度結轉扣除。

5、業務招待費支出，按照發生額的60%扣除，但最高不得超過當年銷售（營業）收入的5‰。 需要注意的是，合夥企業的年度虧損，允許用本企業下一年度的生產經營所得彌補，彌補期最長不得超過5年。

二、應納稅所得分配原則

合夥企業生產經營所得和其他所得採取「先分後稅」的原則。在合夥人之間分配，合夥協議有約定的，按約定的分配比例分；未約定或者約定不明確的，按照合夥人協商決定的分配比例分；協商不成的，按照各實繳出資比例確定；無法確定出資比例的，按照合夥人數量平均計算每個合夥人的應納稅所得額。同時，合夥協議不能約定將全部利潤分配給部分合夥人。

三、不同合夥人投資形式稅負比較

1、合夥人為大陸自然人：合夥企業的投資個人在按照上述分配方法分得應納稅所得額後，依5%－35%的五級超額累進稅率計算個人所得稅。

2、合夥人為外籍個人：分配為生產經營所得不能視同股息、紅利享受免稅規定，依5%－35%的五級超額累進稅率計算個人所得稅；

3、合夥人為大陸法人：企業投資於合夥企業，依25%的企業所得稅率徵稅；因合夥企業不屬於《企業所得稅法》中界定的 「居民企業」範疇，因此即使其對外投資獲取的權益性投資收益，法人合夥人也無法享受免稅優惠。另外，法人合夥人不得用合夥企業的虧損抵減其盈利。

4、合夥人為外國企業：外國企業在中國境內設立機構、場所，應當就其所設機構、場所取得的來源於中國境內的所得繳納企業所得稅，因此外國企業合夥人應按其在大陸構成常設機構，依25%稅率計算企業所得稅

舉例如下

假定境外企業A、外籍個人甲、內資企業B、境內自然人乙共同出資設立合夥企業C，各出資200萬元，2012年公司調整後的應納稅所得額為400萬元。各主體應納稅額如下：