對於政策性搬遷所得稅處理，新40號公告更加細化了原有118號文不足的內容，如政策性搬遷類型、搬遷收入及支出種類等，且增加了搬遷完成的判斷、搬遷損失結轉及累計虧損彌補等內容，但最大的變化是新購置資產的支出不得從搬遷收入中扣除。

大陸國稅總局於2012年8月10日發布新的政策性搬遷所得稅處理辦法，即40號公告，並宣布廢止國稅函〔2009〕118號文，40號公告在搬遷收入、支出項目上做了更具體說明，同時最大的變化是重置資產及土地的支出不得從搬遷收入扣除，增加了企業稅收負擔。

40號公告與118號文的具體差異可見下表。

按照原118號文規定，企業若有重置計劃，搬遷收入中可扣除新購入固定資產及土地的支出，但40號公告明確規定搬遷收入不得扣減上述支出，極大增加了企業的納稅成本。假設某企業搬遷有重置計劃，取得搬遷補償5000萬元，新購固定資產及土地支出2500萬元，員工安置支出1000萬元。

按照118號文，企業當年應納稅所得額為：1500萬元（5000－2500－1000），計算所得稅為375萬元（1500×25%）；

按照40號公告，企業應納稅所得額為：4000萬元（5000－1000），所得稅為1000萬元（4000×25%）。

可見按新辦法企業要多繳納625萬元的所得稅。

此外，對於重置的土地使用權，40號公告規定按原有土地使用權淨值做為計稅基礎，若換入土地價值高於原有土地淨值，則企業可少繳一定的印花稅及契稅，但從長遠來看，換入土地的攤銷成本變少，所得稅前扣除金額變少，且該土地未來再次轉讓時，需繳納更多的土地增值稅，故企業應權衡利弊。

最後需注意的是，對截止2012年10月1日已經搬遷但尚未最後完成的，要求企業一律按照新辦法執行。新辦法生效年度以前已經完成搬遷且已按原規定進行稅務處理的，不再調整。