台灣立法院在2012年7月25日三讀修正通過了，建立證券交易所得課稅制度的《所得稅法》及《所得基本稅額條例》部分條文修正案，前項法令並已於2012年8月8日經總統公布，自2013年1月1日起施行。台灣財政部說明：為了避免新稅制對經濟發展造成衝擊，並且兼顧租稅公平、經濟發展、簡政便民及稅收四方面，本次立法及修法的重點如下：

一、在個人方面，將證券交易所得併入綜合所得稅並採二階段施行

（一）2013及2014年期間，投資人或處分股票性質若屬以下幾種情形之一的，證券交易所得應採「核實課稅」（即強制核實課稅範圍）：

（1）出售未上市（櫃）公司股票；
（2）出售興櫃股票100張以上；
（3）出售2013年以後上市（櫃）股票10張以上；
（4）非居住者。

若屬非強制核實課稅的上市（櫃）或興櫃股票，則採雙軌制，即採「設算所得、就源扣繳」及「核實課稅」二者擇一的方式課稅。其中：

「設算所得、就源扣繳」屬分離課稅性質，即所得人於台灣股價指數高於8,500點時，每筆賣出金額依各級距規定的推估純益率，課徵20%的證所稅，而適用各級距的股價指數係以賣出前一日的收盤指數為準（相關股價指數推定純益率列表，請詳附表）。

「核實課稅」係採分開計稅（即以單一稅率15%，與綜合所得稅分開計算應納稅額）、合併報繳（與綜合所得稅合併於每年5月底前報繳）的方式課徵，若產生投資虧損得自當年度的證券交易所得中減除，但不得後延以後年度。在此期間，屬非強制核實課稅的上市（櫃）或興櫃股票，若投資人欲選擇「核實課稅」方式繳稅，需於2012年12月15日前向其證券戶所屬的證券商申請選定適用。

（二）2015年起，除在強制核實課稅的範圍內，增列「當年度證券出售金額10億以上者」外，亦對非強制核實課稅的上市（櫃）或興櫃股票停止「設算所得、就源扣繳」課稅方式的選用，而採「核實課稅」的單軌制。

（三）台灣財政部為了鼓勵投資人長期持有股票，在本次的立法及修法中亦規定有「長期持有優惠」，即（1）投資人持有股票1年以上，所得減半課稅。（2）初次上市櫃後繼續持有滿3年，所得再減半課稅。

二、在營利事業方面，證券及期貨交易所得仍維持於最低稅負制課徵

不同的是，《所得基本稅額條例》部分條文配合修正，於2013年起，基本所得扣除額由原有的新台幣200萬元降為50萬元，同時基本所得稅率由原有的10%－12%調高為12%－15%。同時在營利事業方面，亦規定有長期持有優惠（持有股票3年以上，所得減半課稅），以及盈虧互抵觀念（投資虧損得自當年度的證券及期貨交易所得中減除，並且得後抵5年）。

雖然台灣工商界及財經學者對最終定案的證交稅內容，仍有不同的聲音。在此可提醒常年旅居海外的台商人士，應注意自身「納稅身分」。若屬非中華民國境內居住的個人，在本次的立法及修法中，在證所稅方面將屬強制核實課稅的範圍。但是否一定會造成在台稅賦的負擔？應綜合考慮「個人所得內容」及可善用「長期持有優惠」政策，即若屬非證券交易所得較高者，「非居住者」身分可能較為有利；反之，若屬證券交易所得較高者，「居住者」身分可能較為有利。