二代健保最大的變革在於補充保險費的設計，若企業的薪資結構以固定月薪為主，沒有獎金、紅利等其他報酬，企業的整體保費負擔可望減輕；但若薪資結構中經常性薪資較少，而獎金、紅利等其他報酬較多，則差額須列計補充保險費，將增加企業未來的負擔。

台灣二代健保將於2013年1月1日實施，其中最大的變革在於二代健保除了按現行薪資計算的一般保險費外，還要根據獎金、利息等6項收入加收補充保險費，也就是在費率上進行「雙軌制」。

根據表1可知，因二代健保增加補充保險費，將一般保險費率相對調降，所以，若企業的薪資結構以固定月薪為主，沒有獎金、紅利等其他報酬，或是此種名目報酬較少，例如傳統產業員工報酬較固定，以月薪為主，較少紅利、津貼等其他給付，在一般保險費率下降，補充保費增加有限下，企業的整體保費負擔將會減輕。反之，若企業的薪資結構中經常性薪資較少，而獎金、紅利等其他報酬較多，如科技產業常以高薪聘雇研發人員，其實際報酬遠高於最高投保金額（現行為183,000元），則此差額須列計補充保險費，將增加企業未來保費的負擔。

而企業除了負擔保險費變動之外，當企業有給付員工或其他民眾表2中6項所得時，就是補充保險費的扣費義務人，應於給付時按補充保險費率2%扣取保費，匯繳健保局。

綜上所述，二代健保最大的差異在於補充保險費，在此制度下，若上班族以薪資收入為主而沒有其他兼差，則每月繳交的保費可望隨著費率調降而減少，至於那些領取高額獎金的業務員，或是以受雇身分參加健保而領取高額執行業務所得的律師、會計師、演藝人員等，保費負擔將會增加。

此外，一直以來，許多企業存在投保薪資「高薪低報」的問題，或是派駐大陸的台灣員工，將薪資拆成台灣大陸兩地發放，造成台灣領取薪水較低，甚至是全額薪水都在大陸當地發放，台灣完全未支薪，這些問題在二代健保正式實施後，都將會一一浮上檯面。