保稅設備自進口之日起5年內屬海關監管貨物，不得擅自在境內銷售、串換、轉讓、抵押或移作他用。實務中，保稅設備的處置方式一般包括退運、結轉銷售、報廢、放棄。已過監管期限的保稅設備，海關將自動解除監管，屆時企業對於保稅設備的處置均無需向海關申請，無需補繳進口環節減免稅款。而未過監管期限的保稅設備處置則涉及海關、稅務，企業應重點關注如下：

一、退運

保稅設備退運，無論是否為海關監管期內，均無需補繳進口環節減免稅款，但其設備減免稅額度不可恢復，減免稅額度即為企業向發改委或商務部申請的《項目確認書》所列的用匯額度。

保稅設備退運，需先向商檢部門提出申請，提交設備原進口報關單、提單、裝箱單及其他相關資料，取得商檢證明後，再向主管海關申請退運並同時辦理解除監管手續。值得注意的是，保稅設備退運應出口給原供應商；若是出口給協力廠商，則屬於出口銷售。

二、銷售

保稅設備結轉，區分轉入方是否有減免稅額度而不同：

1、有減免稅額度

海關總署令第179號規定保稅設備轉讓給進口同一貨物享受同等減免稅優惠待遇的其他企業時，結轉手續辦理如下：

（1）結轉雙方先簽署轉讓協議，由轉出方持有關單證向轉出地海關申請同意後，由其出具設備結轉聯繫函並直接向轉入地主管海關發送；
（2）轉入地主管海關經審核同意後出具設備結轉聯繫函的回執聯；
（3）轉入方向轉入地主管海關申請辦理減免稅審批手續，並取得由其簽發的「徵免稅證明」；
（4）轉出方、轉入方分別向各自的主管海關申請辦理保稅設備的出口、進口報關手續，轉出方憑出口報關單和設備結轉聯繫函回執聯再到轉出地主管海關辦理保稅設備的解除監管手續。

對於轉出方，其設備減免稅額度不予恢復；對於轉入方，應當按照貨物成交價格扣減設備減免稅額度，設備監管期限可按轉出方原進口日期連續計算。

轉出方需根據《財政部國家稅務總局關於全國實施增值稅轉型改革若干問題的通知》的規定，對於2009年1月1日之前進口的保稅設備，銷售時應開具增值稅普通發票，按4％減半繳納增值稅；轉入方取得增值稅普通發票，其稅款無法抵扣，應計入固定資產成本。對於2009年1月1日之後進口的保稅設備，因其進口時已繳納17％的增值稅並已抵扣，銷售時應開具增值稅專用發票，按17％計算銷項稅額；轉入方取得增值稅專用發票，其稅款可作為進項稅額抵扣。

2、無減免稅額度

對於將保稅設備轉讓給不享受進口稅收優惠或進口同一貨物不享受同等減免稅待遇的其他企業，應由轉出方向其主管海關申請辦理補繳稅款手續並辦理解除監管手續。

補稅的完稅價格＝海關審定的貨物原進口時的價格×（1－申請補稅時實際已使用的時間（月）÷（監管年限×12））

若保稅設備原進口日期為2009年1月1日之前，轉出方需補繳進口環節關稅、增值稅；若保稅設備原進口日期為2009年1月1日之後，轉出方僅需補繳進口環節關稅。保稅設備銷售時轉出方應開具增值稅專用發票，按17%計算銷項稅額。

三、報廢 

監管期內的保稅設備若已無使用價值，企業進行報廢處理前，需先向其海關辦理補繳減免稅款和解除監手續，補繳稅款計算同上。對於增值稅而言，因管理不善而造成的設備報廢，其補繳的進口環節增值稅需進行進項稅額轉出；除此之外的報廢無需進行進項稅額轉出。企業所得稅則需按國家稅務總局公告【2011】第25號的規定，於所得稅匯算清繳期間以清單申報或專項申報方式向主管稅務機關進行報備申請予以稅前列支。

四、放棄

海關總署令91號規定，保稅設備所有人聲明放棄的，由海關提取依法變賣處理。對於監管期內的保稅設備，企業需提交設備清單等資料，並由海關進行審批、查核同意後，則無需補繳減免稅款。實務中，企業很難取得主管海關審批同意放棄設備。