依現行台灣《所得稅法》第4條之1規定，停止課徵證券交易所得稅，惟現行多數學者認為此規定不符合稅法中的量能課稅原則。為改善租稅負擔的公平性，台灣近期對是否開徵證券交易所得稅及各種的課徵方案進行了大規模的討論，僅就目前研擬的課徵方案進行分析。

首先在有關個人所得稅的部分，現行處分已依法簽證發行的股票，視其是否為已上市（興）櫃公司而有所不同。處分上市（興）櫃公司的股票而產生的利得，依上述《所得稅法》第4條之1規定屬停徵狀態；而處分未上市（興）櫃公司股票的利得，雖屬停徵範圍，但需依據《所得基本稅額條例》第12條的規定，納入基本稅負的課徵範圍，該基本稅額為基本所得額扣除新台幣600萬元後，稅率按20%計算，在基本稅額大於一般所得稅額時需補繳差額。

現行台灣研擬將個人處分依法簽證發行的股票採取分離課稅（即不區分處分標的是否為上市（興）櫃公司股票）的方式，獲利超過新台幣400萬元以上者，超過部分按15%至20%繳納所得稅，稅率授權行政院定之，交易損失可抵扣所得，當年度抵扣不足者，於未來3年內進行扣抵。另外為鼓勵長期投資，持股滿3年以上者，享有半數利得免稅的優惠政策。

另外可能的方案是將個人處分上市（興）櫃公司股票，一併納入最低稅負課徵範圍，並調降新台幣600萬元的扣除額度。台灣資本市場以散戶為主，研擬方案中均給予個人一定金額的起徵門檻，如此可降低開徵證所稅對散戶的衝擊。

在營利事業所得稅的部分，依據《所得基本稅額條例》第7條規定，處分已依法簽證發行的股票（含上市（興）櫃公司股票），利得納入最低稅負課徵範圍，該基本稅額為基本所得額扣除新台幣200萬元後，稅率按10%計算。現行台灣研擬維持納入最低稅負課徵，但調降扣除額為新台幣50萬元，並調高最低稅負所得稅率至12%。

營利事業也可享受長期持有的優惠政策，持股3年以上者，半數利得免稅。為了吸引國際資金投入台灣資本市場，對在台灣無固定營業場所或營業代理人的外國機構投資人，已初步排除在課徵範圍內。

在證券持有成本的認定上，考慮若採取歷史購買成本，將造成投資人於開徵前拋售股票，提前實現過去的證券交易所得，恐會對股市造成負面影響，故台灣財政部研擬個人於開徵前取得的股票以原始取得成本為主，但上市櫃公司股票以2012年最後交易日收盤價、興櫃公司以最後交易日的成交均價與原始取得成本比較，個人擇優計算所得額，以降低對市場的衝擊。而對於開徵後取得的股票，則以先進先出法進行認定。營利事業部分則依照帳載實際取得成本，以加權平均法或其他方法進行認定。

台灣預計自2013年1月1日起開徵證所稅，並於2014年5月進行申報，但目前詳細課徵方式尚未經立法院通過，而就截至2012年4月26日行政院研擬的方案來看，在個人部分影響較大的係處分上市（興）櫃公司股票所賺取的利得，將從原免稅改為分離課稅，而在營利事業部分影響較大的應是在於調整最低稅負扣除額及稅率。所以投資人需持續關注台灣立法院通過的最終方案，於開徵前重新檢視整體投資情形，以降低開徵證所稅所造成的衝擊。