日前，國家稅務總局頒布了《特別納稅調整內部工作規程（試行）》（國稅發【2012】13號，以下簡稱「工作規程」）、《特別納稅調整重大案件會審工作規程（試行）》（國稅發【2012】16號，以下簡稱「會審規程」），就近期稅務機關在進行特別納稅調整的立案、調查、結案和跟蹤管理等內部事項進行了規範，這些規範的出台對特別納稅調整事項有重大影響。

一、規程重點內容

1、工作規程

「工作規程」主要明確各級稅務機關在特別納稅調整工作中的相應職責和操作流程。要求稅務機關應通過關聯申報審核、同期資料管理、特別納稅調整遵從引導等手段，鼓勵納稅人依據有關規定自行調增應納稅收入或者所得額，並按有關規定將調整資料通過特別納稅調整案件管理系統層報稅務總局審核。並強調稅務機關對做出上述自行調整的納稅人仍可進行特別納稅調整調查。

2、會審規程

「會審規程」主要明確了特別納稅調整重大案件的標準，即企業註冊資本在1億元人民幣以上，且調查年度年均主營業務收入在10億元人民幣以上的；全國行業聯查或集團聯查案件；其他由稅務總局確定案件；省稅務機關認為案件複雜的。

針對上述重大案件的特別納稅調整，規程要求各地稅務機關在送達「特別納稅調查結論通知書」或「特別納稅調查初步調整通知書」之前，將審議後的「不予調整意見」或「初步調整方案」，報請稅務總局組織的案件會審小組進行會審。該會審實行一案一會審制度。

該規程的出台表明國稅總局對大企業的特別納稅調整比較慎重，無論當地稅務機關對重大案件是否進行特別納稅調整或不調整，均需要會審小組來審議。同時強調特別納稅調整重大案件會審實行迴避制度，會審人員庫成員不參加涉及本省稅務機關特別納稅調整重大案件的會審。顯然，重大案件由會審小組來審議的話，其特別納稅調整事項將存在重大不確定性；同時，地方稅務機關的裁量權也有所限制。該會審制度對被調查企業是否有利還要拭目以待。

二、近期特別納稅調整實務重點

自2009年1月國稅總局頒布並實施《特別納稅調整實施辦法（試行）》以來，各地稅務機關在進行特別納稅調整時，特別是在可比對象的篩選以及調整方法上，已形成了一套方法，關聯交易金額較大並存在移轉定價的外商應關注如下重點：

1、可比對象的篩選

稅務機關往往從上市公司中篩選可比對象，例如從BVD資料庫或境外上市公司公開網站中篩選與被調查企業功能類似、經營範圍以及經營規模類似的企業。由於上市公司的獲利能力普遍較好，因此，往往對被調查企業不利。

2、調整年度

調整年度並不是僅限於被調查的年度，往往追溯，即從調查年度開始往前追溯3－5年。

3、調整方法

對功能單一、以製造功能為主的被調查對象，較多採取交易淨利潤法中的完全成本加成率方法核定。完全成本加成率＝息稅前利潤／（主營業務成本＋銷管費用）。這種調整思路主要以關聯銷售為基礎，而非從關聯採購角度考量。當然具體調整時，稅務部門也會考量被調查對象僅承擔製造功能，會在可比對象完全成本加成率基礎上剔除研發功能和銷管功能的影響。

4、對來料加工企業

針對來料加工企業，稅務機關根據來料加工的料件金額還原被調查企業完全生產成本，並以此為基數進行特別納稅調整。顯然，按照該基數進行成本加成率核定應納稅所得額，被調整企業存在著很大的被調整風險。由於稅務機關與納稅人對移轉定價存在不同的認知，外商如何按照國稅發【2012】13號有關規定自行調增應納稅收入或者所得額並取得當地稅務機關的認可是未來移轉定價考慮的重點。