高新技術企業認定的研發費，和研發費加計抵扣費用項目，雖然都是研發費，歸集項目基本類似；但兩者歸集口徑存在較大差異。總體來說，高新認定研發費的歸集口徑大於加計扣除中研發費的歸集口徑，對研發費加計扣除項目，稅務部門一般嚴格要求企業按照〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知（國稅發〔2008〕116號）列舉的8個項目進行計算扣除，兩者間主要差異在於以下幾個項目。

一、人員費用
研發費加計扣除規定的可加計扣除費用，包括在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼。而高新認定除上述內容外，還將研發人員基本社會保險費用、公積金補助費、外聘研發人員勞務費用等與其任職或受雇有關的其他支出列入研發費中。此外，關於研發部門經常發生的差旅費等，也不得列入研發費加計扣除項目，而高新技術企業認定的研發費則可列入。

二、材料、燃料等費用
研發費加計扣除中的材料、燃料是指從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用，專門用於中間試驗和產品試製的模具、工藝裝備開發及製造費。高新認定的研發費除包括上述內容外，還包括以下：
1、用於中間試驗和產品試製但達不到固定資產標準的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費、試製產品的檢驗費等。
2、用於研究開發活動的儀器設備的簡單維護費。
3、經營租賃方式租入的固定資產發生的租賃費。

三、固定資產折舊、設備租賃費
研發費加計扣除中的固定資產折舊僅指專門用於研發活動的儀器、設備的折舊費或租賃費。

高新認定還包括為執行研究開發活動而購置的儀器和設備以及研究開發專案用建築物的折舊費用，包括研發設施改建、改裝、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用。

四、無形資產
可研發費加計扣除的無形資產是指專門用於研發活動的軟體、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用。用於高新認定的研發費則指因研究開發活動需要購入的專有技術（包括專利、非專利發明、許可證、專有技術、設計和計算方法等）所發生的費用攤銷。

五、委外研發費用
企業委託給委外單位進行開發的研發費用，凡符合條件的，由委託方按照規定計算加計扣除，受託方不得再進行加計扣除，對委託開發的專案，受託方應向委託方提供該研發項目的費用支出明細情況，否則，該委託開發專案的費用支出不得實行加計扣除。

高新認定的委外研發費則指企業委託境內其他企業、大學、研究機構、轉制院所、技術專業服務機構和境外機構進行研究開發活動所發生的費用（項目成果為企業擁有，且與企業的主要經營業務緊密相關）。委託外部研究開發費用的發生金額應按照獨立交易原則確定。認定過程中，按照委託外部研究開發費用發生額的80％計入研發費用總額。

六、其他費用
研發費加計扣除的其他費用包括勘探開發技術的現場試驗費、研發成果的論證、評審、驗收費用、與研發活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費等。高新認定的其他費用包括如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研發保險費等。此項費用一般不得超過研究開發總費用的10%，另有規定的除外。

七、研發試產產品出售、研發專案補助
企業開發階段試生產形成的產品，在實際銷售時應當計提銷項稅，並沖減研發支出。

另外，如果企業從有關部門取得的研究開發費專項撥款的，根據〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）〉的規定需作為研發費加計扣除的減項，減少研發費金額。

綜上所述，可研發費加計扣除的費用一般均為直接用於研發項目的費用，間接發生的費用不可以進行加計扣除；而高新認定的研發費則對於間接費用也予以承認。企業需根據不同的目的分別對研發費進行歸集。此外，對研發費加計扣除審核，各地規定不完全一樣，如江蘇省需要企業事先立項及向稅務備案，而上海一般不需要，在匯算清繳申報即可。