當以外商投資企業為併購標的，並選擇以股權交易實現進行併購時，通常會面臨境內交易和境外交易兩種選項。以外商投資企業甲公司為例，若當前的股權結構為：台灣甲→薩摩亞甲→中國甲。文中所述「境內交易」指的是薩摩亞甲將中國甲的股權，轉讓給中國境內某企業(包括外商投資企業)或是某人，轉讓後股權結構如下：中國企業→中國甲。境內交易最大的特點是中國甲由外商投資企業搖身變為內資企業，如此一來將影響中國甲因外商投資企業身分而取得的權利，例如設備保稅、有進口免稅額度、兩免三減半優惠政策等。

而所謂「境外交易」又可分為「境外直接交易」、「境外間接交易」。前者股權交易後，股權結構成為收購方境外公司→中國甲；後者則為收購方境外公司→薩摩亞甲→中國甲。境外交易的最大特點是中國甲的外商投資企業性質不變。除了導致企業性質變更上的差別，境內交易和境外交易各有以下注意事項。

對於境內交易來說，尤其要注意股款支付。根據中國外匯管理局規定，買方中國企業只有在取得外匯核准件後，才能將股款支付給境外的賣方薩摩亞甲，而且股款須一次性付清。因此，對於買方而言，可能會擔心股款全部付清後，又發現中國甲有其他債務；而對於賣方而言，由於在辦理外匯核准件前，中國甲的批准證書已經註銷，營業執照上的股東也已變更成中國企業，因此，一旦買方不支付股款，對於賣方的風險將更大。因此，交易雙方常採用獨立第三方資金監管的方式進行操作。

而境外交易時，買賣雙方支付股款無需得到中國任何官方部門的事先核准或審批，買賣雙方可以有更大的空間自由協商股款支付的時間和方式。

對於境外交易來說，尤其要注意的則是當收購方是純內資企業，在境外沒有關係企業也沒有資金時，如何實現境外交易。因中國對於境內企業赴境外投資已經放開，此時，純內資企業可先經由商務主管部門的批准，在境外成立一家投資公司，境外公司在境外銀行開戶後，純內資企業即可將投資款匯到境外公司的銀行帳戶，實現境外交易。但從中國外匯管理局規定來看，境內企業到境外成立公司，再回境內收購中國甲屬於「返程投資」，實務中，各地對於返程投資的把關，嚴厲程度不一，審批程序比較繁瑣。

而對於股權交易雙方尤其關心的稅務問題，境內、境外交易的區別主要有兩點：

1、股權轉讓所得稅：境內交易和境外直接交易時，薩摩亞甲需按照股權轉讓所得(股權轉讓收入減去股權轉讓成本)乘以10%繳納非居民企業所得稅。股權轉讓收入通常是買賣雙方約定的股權轉讓價格，且該價格一般不得低於轉讓基準日中國甲的帳面淨資產，如果稅務機關要求對股權價值進行評估，還可能因房地產增值等因素，導致股權評估價大於帳面淨資產，此時，稅務局會以股權評估價認定股權轉讓收入。而境外間接交易，按照698號文規定，應自股權轉讓合同簽訂之日起30日內，向中國甲的主管稅務機關報告；主管稅務機關層報稅務總局審核後，可以視同直接轉讓中國甲的股權來課稅。

2、利潤分配所得稅：境內交易後，中國企業取自中國甲的分配利潤，無需課稅；但中國企業將利潤最終分配給個人股東時，境內個人須繳納20%的個人所得稅，境外個人暫無須繳稅；境外交易後，收購方境外公司取自中國甲的分配利潤，需繳納10%的非居民企業所得稅(有稅收協定並符合條件的可享受協定稅率)。

簡單說，購買外商投資企業的股權，應根據買賣雙方的具體情況及標的公司的資產、財務狀況，規劃交易方式，不能僅僅考慮稅收因素。且根據大陸698號文的規定，如果真有股權轉讓所得稅產生，境外間接交易並不能就此免除繳稅的風險。