不同的出口貿易方式，因結算價格不同對出口退稅金額會造成影響；且因買方和賣方權利義務不同，也會造成收入確認時點和金額的差異。根據出口退稅相關規定和〈企業會計準則第14號-收入〉對收入確認的原則進行分析，影響包括：

一、常見出口貿易方式

常見的出口貿易方式主要包括FOB、CIF及DDU三種，FOB和CIF眾所周知，在此就不再分析；至於DDU是指未完稅交貨，也就是賣方必須在合同規定的裝運期內，在裝運港將貨物交至進口國的指定地，可供買方收取時即視為履行了交貨義務。

二、不同出口貿易方式對外銷收入確認的影響

會計準則規定，銷售商品收入須滿足「企業已將商品所有權上的主要風險和報酬轉移給購貨方」的條件。簡單地說，在FOB交貨方式下，賣方把貨交到裝運港的船上通知買方，並提供提單等運輸單據後，賣方義務就履行完畢。
使用CIF條款簽訂合同，由於是由賣方代買主在國外按合同條款的有關險別規定辦理貨運保險，故CIF交貨方式下，賣方也是把貨交到裝運港的船上通知買方，並提供提單等運輸單據時，商品所有權的主要風險和報酬就已轉移給買方；而DDU交貨方式，賣方需要把貨交到進口國的指定地點，交割完成後賣方義務才算履行完畢。
實務中，FOB和CIF貿易方式下外銷收入都是在報關、裝船並提供提單等運輸單據後確認收入，而DDU方式下外銷收入不是在報關出口時確認，而是在貨物實際交給買方時確認，這是和FOB、CIF方式的最大不同。

三、不同出口貿易方式對出口退稅的影響

1、退稅申報時間
大陸國稅總局〈出口商品退（免）稅管理辦法〉規定，出口企業自營出口和代理出口的商品，可在商品報關出口並在財務上做銷售後，憑有關憑證按月申報退（免）稅。具體來說，企業不論以何種貿易方式報關出口，都必須在貨物出口90天內（以報關單退稅聯為準）完成出口退稅申報，超期需視同內銷處理。
對於上述三種貿易方式，FOB和CIF正常情況下不會形成超期申報出口退稅，而DDU方式因以完成貨物交割手續才能在財務上作銷售處理，如在出口報關90天內不能完成外銷收入確認，就會對出口退稅造成影響。實務中企業可考慮在境外設立子公司以FOB或CIF方式交易實現出口退稅，再由境外子公司與客戶完成最終交易。

2、退稅收入申報價格
〈海關審定進出口貨物貨物完稅價格辦法〉第42條規定：出口貨物的完稅價格由海關以貨物的成交價格為基礎審查確定，並應當包括貨物運至大陸境內輸出地點裝載前的運輸及其相關費用、保險費。
上述規定與FOB離岸價基本一致，因此離岸價作為企業核算外銷收入、計算出口退稅的基礎，生產企業出口貨物執行「免、抵、退」出口退稅政策，其中計算退稅額和不得免徵或抵減稅額的外銷收入均採用離岸價。
CIF方式下在計算外銷收入和出口退稅時，須將CIF到岸價換算為FOB離岸價，即FOB＝CIF－保險費－運費，實務中目前各地做法不一致，上海是扣減5%運保佣換算回離岸價，江蘇省是以CIF價扣減實際發生的保險費和運費。

另外，有些企業誤以到岸價計算外銷收入和出口退稅，從最終結果來看，對企業的整體利潤總額並無影響，因為收入擴大，相應的運費和保險費上升。但從出口退稅角度來看，會有一定影響；從計算退稅額度來看，企業計算退稅基礎擴大，退稅額度會相應增加，但由於企業會存在退還增值稅的限額，即由企業的增值稅留底稅額來決定。因此一般企業如果用CIF計算，不會增加退稅額度，相反還可能因為免抵稅額增加，相應增加繳納城建稅和教育費附加的基數。