盈餘公積彌補虧損，對企業所得稅不產生影響，企業採用減資彌補虧損，會增加當期應納稅所得額。另外，境外公司虧損，不得抵減大陸企業及其他境外國家（地區）公司盈利。

虧損彌補指公司累計未分配利潤為負數時所進行的彌補，虧損彌補方式包括用以後年度利潤、稅務查補利潤、盈餘公積、減資等方式彌補。不同虧損彌補方式對利潤、所得稅的影響主要有：

一、對利潤的影響

1、會計處理
（1）用以後年度利潤彌補虧損無需單獨進行帳務處理，只需將企業實現的淨利潤從「本年利潤」科目結轉到「利潤分配—未分配利潤」科目的貸方，其貸方發生額與「利潤分配—未分配利潤」科目的借方餘額自然抵補。
（2）稅務查補利潤屬於前期差錯，如果差錯重要且會計差錯累計影響數可以確認，需要通過「以前年度損益調整」科目追溯調整，否則直接計入發現當期的損益。
（3）盈餘公積彌補虧損，借記「盈餘公積」，貸記「利潤分配—盈餘公積補虧」。
（4）減資彌補虧損，借記「未分配利潤」，貸記「實收資本」。

2、影響
用盈餘公積、減資彌補虧損，所有者權益總額是不變的，僅是所有者權益內部科目之間的調整。這是企業為了改善財務結構，減少未分配利潤負數金額的途徑。

二、對所得稅的影響

1、以後年度利潤彌補
以稅前利潤進行彌補虧損時，其彌補的數額可以抵減企業當期應納稅所得額，如果超過稅法規定的5年彌補期，則不能在企業當期的應納稅所得額中抵減。

2、稅務查補利潤彌補
根據《國家稅務總局公告2010年第20號》中規定，稅務機關對企業以前年度納稅情況進行檢查時調增的應納稅所得額，凡企業檢查所屬年度以前發生虧損、且該虧損屬於企業所得稅法規定允許彌補的，應允許調增的應納稅所得額彌補該虧損。彌補該虧損後仍有餘額的，再併入檢查所屬年度的應納稅所得中，按稅法規定計算應補稅額。

3、盈餘公積彌補
由於盈餘公積是從企業稅後利潤提取的，與未分配利潤同屬於留存收益，因此對企業所得稅不產生影響，稅務確認的可彌補虧損可用以後五個年度應納稅所得額彌補。

4、減資彌補
目前稅法對減資彌補虧損無明確規定，但在大陸國稅總局對減資彌補虧損的解答中，認為該行為屬於企業減資後將款項歸還給股東，股東再以同樣的款項捐贈給公司用以彌補虧損，對於接受捐贈收入需要調整當年應納稅所得額，因此企業採用減資彌補虧損會增加當期應納稅所得額。

三、其他虧損彌補方式對所得稅的影響

1、合併
適用特殊性稅務處理的企業合併，可以按稅法規定的剩餘結轉年限內結轉彌補，每年可由合併企業彌補的被合併企業虧損的限額=被合併企業淨資產公允價值×截至合併業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率。一般性稅務處理的合併，被合併企業的虧損不得在合併企業結轉彌補。

2、分立
適用特殊性稅務處理的企業分立，被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額，可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續彌補。一般性稅務處理的，企業分立相關企業的虧損不得相互結轉彌補。

3、境外分公司
境外分公司虧損，不得抵減大陸企業及其他境外國家（地區）公司盈利。如果企業當期境內外所得盈利額與虧損額加總後和為零或正數，則其當年度境外分公司的非實際虧損額可無限期向後結轉彌補；如果企業當期境內外所得盈利額與虧損額加總後和為負數，則以境外分公司的虧損額超過企業盈利額部分的實際虧損額，按5年期限進行虧損彌補，未超過企業盈利額部分的非實際虧損額仍可無限期向後結轉彌補。