國稅總局2011年45號文，對非境內註冊居民企業身分的認定，採用企業自行判定提請稅務機關認定，和稅務機關調查發現予以認定兩種形式。

由於業務及資金調度等需要，不少台資企業在香港設立子公司，但其實際管理機構設立在大陸，根據〈國家稅務總局關於境外註冊中資控股企業依據實際管理機構標準認定為居民企業有關問題的通知〉（國稅發〔2009〕82號），該香港子公司應被判定為非境內註冊居民企業，其來源於大陸境內、境外所得應視同居民企業管理，並在大陸繳納企業所得稅。

一、實際管理機構如何認定
國稅發〔2009〕82號規定，香港子公司如果同時符合以下條件將認定實際管理機構在大陸境內：

1、負責香港子公司日常經營的高管人員（總經理、財務總監等）及其履行職責的場所主要位於大陸境內。

2、香港子公司的財務決策（借款、放款、融資、財務風險管理等）和人事決策（任命、解聘和薪酬等）由大陸境內的機構或人員決定或批准。

3、香港子公司的主要財產、會計帳簿、公司印章、董事會和股東會議紀要資料等存放於大陸境內。

4、香港子公司1/2（含）以上有投票權的董事或高管人員經常居住於大陸境內。

國稅總局2011年45號文則規定了非境內註冊居民企業身分的認定，採用企業自行判定提請稅務機關認定，和稅務機關調查發現予以認定兩種形式，並自收到居民身分認定書之日起30日內辦理稅務登記。另外其帳簿憑證要使用中文，並報送稅務機關備案；發票存根應當保存在大陸境內以備稅務機關查驗；所得稅一樣必須分季預繳、年度匯算清繳等。

二、公司所得在香港是否需繳納利得稅
香港子公司被認定為大陸居民企業後，因同時也是依香港法律所成立的法團公司，將具有雙重居民身份。《內地和香港特別行政區關於對所得避免雙重徵稅和防止偷漏稅的安排》第4條第3款規定：「除個人以外，同時為雙方居民的人，應認為是其實際管理機構所在一方的居民。」因此，實際管理機構被判定在大陸的香港子公司取得所得應在大陸繳稅，無需在香港繳納利得稅。

三、分配股息、紅利時是否需要扣稅
大陸境內投資者從香港子公司分得的股息紅利，視同居民企業之間直接投資，其權益性投資收益作為免稅收入。而香港子公司向非居民企業投資者支付股息或向其他外國企業支付利息、租金、特許權使用費、轉讓財產收入等，要依法代扣代繳企業所得稅。

四、取得股息、紅利是否需要繳稅
如果香港子公司再投資境內企業（即返程投資），從該境內企業取得的股息、紅利也為免稅收入。但如果該境內企業為上市公司，且香港子公司連續持有其公開發行並上市流通的股票不足12個月的，取得的投資收益需要繳納企業所得稅。

如果香港子公司再投資控制另一家外國企業，該外國企業的實際稅負低於12.5%，則該外國企業視為香港子公司的受控外國企業。如該受控外國企業並非合理經營需要而對利潤不作分配或減少分配，上述利潤中應歸屬於香港子公司的部分，應當計入香港子公司的當期收入，補交稅差。

最後要注意，香港子公司如果存在關聯交易，也要履行關聯交易申報及同期資料準備等義務，在取得大陸境內所得時應向相關支付方出具居民身分認定書影本；香港子公司雖屬於居民納稅義務人，但其如再投資境內企業，該境內企業的外商投資企業稅收法律地位不變。