在大陸工作的台藉員工，往往面臨繳個人所得稅上的兩難， 在台灣端為了維持在台勞保及健保，必須在台灣領取部分薪資，在大陸端又要面對各地地稅局對台籍員工外籍人員薪資申報的要求，由於兩岸個人所得稅法在徵收模式上不同，大陸採取的是分類個人所得稅制，且是每月由公司代扣代繳，而台灣實行的是綜合個人所得稅制，以家庭為單位，個人1年自行申報1次，由於課稅級距及免稅額規定等都不相同，造成台籍人員薪資於台灣或大陸何地支領，會產生不同稅負結果。

根據本次大陸於新版《個人所得稅法》修改內容，分別以台籍人員大陸支取月薪人民幣1萬到3萬元來測算新舊個人所得稅負變化，可得到下表結果：

簡單說，外籍個人所得稅負變化的臨界點為人民幣17,400元，也就是說月入在人民幣17,400元以下在大陸工作的外籍人員依新稅法是減稅， 反之月入17,400元以上則會加稅。

另外，依現行《台灣地區與大陸地區人民關係條例》第24條規定，台籍人員直接從大陸獲得的收入來源，應併同台灣地區來源所得課徵個人所得稅，但在大陸已繳納的稅額可以自應納稅額中扣抵；如果依上述兩岸人民關係條例規定及目前兩岸的課稅級距差異（附表）來看，會產生台籍員工在大陸所繳納的個人所得稅回到台灣無法全額扣抵的情形。