股權轉讓過程中，因採取特殊性稅務處理規定可以遞延繳納股權轉讓所得稅，而受到股權轉讓方的高度關注。那麼，「特殊性稅務處理規定」到底需要稅務機關審批，還是只需備案即可？股權轉讓各方需要釐清相關法規下適用特殊性稅務處理的不同規定。

一、59號文規定需書面備案
2009年4月30日財政部和稅務總局發布的〈關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知〉（59號文）規定，企業發生符合特殊性重組條件並選擇特殊性稅務處理的，當事各方（股權轉讓方、股權收購方、被收購企業）在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理。

上述主管稅務機關視股權轉讓方是境內企業還是境外企業而有所不同：

1、如果股權轉讓方為某一境外企業，股權收購方不論是境內企業還是境外企業，股權轉讓方應自行或委託代理人向被轉讓股權的境內企業所在地主管稅務機關進行書面備案，如果股權轉讓方為兩個或以上境外企業的情況下，根據〈關於非居民企業所得稅管理若干問題的公告〉（24號公告）規定，可以選擇由其中一方向被轉讓股權的境內企業所在地主管稅務機關提供資料。

2、如果股權轉讓方為境內企業，股權收購方不論是境內企業還是境外企業，應向股權轉讓方所在地主管稅務機關進行書面備案。

二、698號文強調需經省級稅務機關批准
2009年12月15日稅務總局發布的〈關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知）（698號文）規定，非居民企業取得股權轉讓所得，符合特殊性重組條件並選擇特殊性稅務處理的，應向主管稅務機關提交書面備案資料，並經省級稅務機關批准。在此，我們認為可從兩個方面來理解，一是企業要向稅務機關備案，二是企業備案後，稅務機關內部呈報省級稅務機構審批，無需企業去辦理審批手續。

三、4號公告進一步明確重組主導方
2010年7月26日稅務總局發布的〈企業重組業務企業所得稅管理辦法〉（4號公告）涵蓋了59號文和698號文的思路，但進一步提出了在備案過程中需要稅務機關確認的申請主體，被稱之為股權收購的重組主導方。4號公告規定，企業股權轉讓選擇特殊性稅務處理的，應按規定進行備案；如需要稅務機關確認，可以選擇由股權轉讓方作為重組主導方向主管稅務機關提出申請，層報省稅務機關給予確認。

以上海市為例，規定股權轉讓方作為重組主導方提出備案申請，備案時間截止在股權轉讓事項完成的次年3月底前，如果涉及兩個及兩個以上股權轉讓方，則由轉讓被收購企業股權比例較大的一方作為主導方（股權比例相同的可協商確定主導方）。

綜上，雖然59號文、698號文及4號公告從公布時間來看是有先後順序的，其相關規定也略有區別，但核心宗旨不變，即股權轉讓如需適用特殊性稅務處理規定，除無法確認的情況外，企業只需在股權轉讓完成當年所得稅年度申報時進行備案即可，無需審批。但需要提醒的是，雖然只要求備案，但未來稅務機關在核查中發現該項股權轉讓交易行為不符合特殊性稅務處理條件的，仍有可能要求補稅。