2011年3月國稅總局頒布〈企業資產損失所得稅前扣除管理辦法〉（國家稅務總局公告2011年第25號，下稱新辦法），同時廢除了國稅發[2009]88號，對資產損失稅前扣除進行調整和修訂。

一、資產損失申報扣除制
新辦法和88號文最大區別在於資產損失所得稅前扣除方式變化。即原先88號文規定企業正常經營過程的資產變賣損失、存貨正常損耗、固定資產正常報廢、證券類資產交易損失等，由原先的企業所得稅匯算清繳自行扣除方式，統一變更為以清單方式向稅務機關申報扣除，有關會計核算資料和納稅資料仍留存企業備查。除上述4類損失外的其他損失均採用專項申報方式，專項申報時必須提供中介機構出具的資產損失專項報告。

二、首次增加分支機構資產損失匯總申報內容
分支機構發生資產損失時，除向當地主管稅務機關進行清單申報和專項申報外，還應向總機構報告資產損失情況，總機構匯總後以清單申報形式向其主管稅務機關進行申報。

三、關聯企業轉讓資產損失可以稅前扣除
企業按獨立交易原則向關聯企業轉讓資產而發生的損失，或向關聯企業提供借款、擔保而形成的債權損失准予扣除，即關聯交易發生的損失也可稅前扣除，但企業應以專項申報方式提出，同時附送中介機構出具的專項報告。這點也是原先88號文所沒有涉及的內容。

四、降低應收帳款損失確認條件
對於逾期1年以上應收帳款，單筆數額不超過5萬或者不超過企業年度收入總額萬分之一的應收款項，會計上已確認壞帳並出具專項報告即可稅前扣除。這點也改變了以前一直強調的應收帳款壞帳損失要在稅前扣除，帳齡必須是3年以上的硬性做法。同時新辦法還規定，逾期3年以上的應收款項若會計上已確認壞帳損失並出具專項報告，即可在稅前扣除，取消了88號文對債務人資不抵債、連續3年經營虧損等限制性要求。

五、限制以前年度損失追補確認年限
企業以前年度發生的資產損失未能在當年稅前扣除，應做專項說明進行專項申報扣除，追補確認期限一般不得超過5年。企業以前年度應稅利潤扣除追補確認的損失後出現虧損，應先調整資產損失發生年度的虧損額，再按彌補虧損的原則計算多繳的企業所得稅稅款，多繳稅款只能結轉以後年度抵扣而不能退稅。新辦法改變了88號文追補無期限及多繳稅款可退稅的規定。

六、擴大了資產損失扣除範圍
新辦法將資產損失範圍擴大至無形資產損失、各類墊付款、企業之間往來款項、現金假幣、擔保等符合企業所得稅法及其實施條例等法規規定的資產損失。

七、刪除了申報期限規定
88號文規定，企業資產損失稅前扣除申請在年度終了的45日內辦理，而新辦法並未規定具體時間。但根據新辦法第7條、第8條可推定，企業以清單申報方式，應在所得稅年度匯算清繳時遞交清單材料，而採取專項申報方式應逐項（或逐筆）報送，即在損失發生時遞交申請材料。

另外，新辦法將資產損失區分為實際資產損失、法定資產損失兩類，其中，實際資產損失指企業在實際處置、轉讓資產過程中發生的合理損失；法定資產損失指企業雖未實際處置、轉讓資產，但符合規定條件計算確認的損失。上述損失都必須在會計上已作損失處理的年度申報扣除。