針對保稅貨物外發加工所衍生的問題，海關總署自2004年頒布〈加工貿易貨物監管辦法〉以來，又陸續在2009年頒布51號公告、2010年頒布93號公告進行完善。

一、明確外發加工條件
1、委託企業
委託外發加工企業應具備加工生產能力，但在受自身生產特點、工藝條件限制、產能不足而不能完成全部工序和訂單情況下，都可以申請外發加工，可以外發加工的範圍已擴大至因產能不足無法履約都可外發加工。

2、承攬企業
承攬外發加工的企業應具備加工生產能力，委託企業的主管海關在必要情況下可進行實地驗廠，驗廠主要內容為確認承攬企業是否有生產能力進行受託加工，經海關驗廠合格後，委託企業方可進行外發加工業務。但實務中海關實地驗廠的情況較少，一般來說海關實地驗廠機率與承攬企業的規模成反比關係。

另外，委外加工企業既可以選擇關區內也或是關區外的承攬企業進行外發加工，承攬企業既可以是獨立的法人主體公司， 也可以是委託企業自己的分公司。

二、不准予外發加工的情況
委託企業存在下列情況，主管海關不准予進行外發加工：
1、涉嫌走私、違規，已被海關立案調查、偵查且案件未審結。
2、生產經營管理不符合海關監管要求，被海關責令限期整改處於整改期內。
3、有逾期未報核《手冊》。
4、申請外發加工《手冊》被海關暫停進出口。

三、外發加工海關備案流程
根據海關規定，委託企業主管海關負責核准和辦理外發加工業務手續，並監管保稅貨物。委託企業可憑下列資料，在加工貿易手冊的有效期內向主管海關申請辦理外發加工手續，並取得「加工貿易貨物外發加工申請審批表」後方可外發加工：
1、委託企業簽章的「加工貿易保稅貨物外發加工申請表」（如全部工序委外，需在申請表備註欄註明〝全部工序外發加工〞字樣）。
2、委託企業與承攬企業簽訂的加工合同。
3、承攬企業的工商營業執照影本、海關註冊登記證明書。
4、加蓋承攬企業印章的「加工貿易加工企業生產能力證明」或生產能力狀況證明材料。
5、海關核發的「加工貿易登記手冊」。
6、「加工貿易外發加工貨物外發清單」及「加工貿易外發加工貨物運回清單」。

委託企業外發加工的保稅貨物總量，超出外經委核定的企業年生產能力的50%以上或全部工序外發加工時，海關不接受委託企業紙質申報資料，委託企業應通過H2000外發加工管理系統申請外發加工手續。另外，一般情況下委託企業無需因為外發加工繳納保證金，但外發加工業務跨關區、全部工序外發加工、外發加工後的貨物不運回直接出口時，委託企業應向海關提供保證金或銀行保函，2010年第93號文規定，該保證金或保函金額以外發加工貨物所使用的保稅料件應繳稅款金額為基礎。

四、外發加工後續問題
1、外發業務過程中委託企業不能將保稅貨物銷售給承攬企業，同時承攬企業也不能將保稅貨物再次外發至其他企業進行加工。
2、外發加工的成品、剩餘料件以及生產過程中產生的邊角料、殘次品、副產品等加工貿易貨物，經委託企業所在地主管海關批准，可以不運回本企業。如果承攬企業是委託企業的分公司，則分公司可以以總公司的名義辦理進出口報關手續。