台灣立法院於2011年1月4日通過了全民健康保險法修正案（簡稱二代健保），新的二代健保保費將分為一般保費和補充保費。簡單來說,一般保費是以月投保薪資計算，費率由現行的5.17%降為4.91%；補充保費則是針對高額獎金、股利及利息等收入另外加收2%的補充保費。依據台灣健保局統計，台灣全民健康保險的納保率已超過99%，所以二代健保的改變內容，是每個企業或個人都應瞭解的重要事項。

台灣全民健康保險由政府、雇主（投保單位）及保險單位依特定比例共同負擔，二代健保雇主（投保單位）及保險單位需負擔的內容包括：

一、雇主（投保單位）負擔部份，其簡單的計算公式說明如下：
二代健保費用=一般保費+補充保費，其中一般保費=受雇員工投保金額總額×費率×負擔比率×（1+平均眷口數）

補充保費=（雇主支付薪資總額-受雇員工投保金額總額）×費率2%

其中應特別注意的是上述補充保費並未有上、下限的金額限制，意味著若企業過去所負擔的「支付薪資總額」與「投保金額」存在差額，則這些過去發生的經常性薪資以外的用人費用，未來將以補充保費形式出現。二代健保改革的用意，除為了避免雇主刻意調整薪資結構，用以規避保險責任外，亦為了平衡行業差異所造成的不公平，如過去傳統產業之薪資結構可能以經常性薪資為主，而高科技行業則可能以低月薪加高額獎金為主。未來將經常性薪資以外的收入納入補充保費計算範圍，將可降低行業特性所產生的差異。

二、員工（保險單位）負擔部份，其簡單的計算公式說明如下：
二代健保費用＝一般保費＋補充保費，其中

一般保費＝投保金額×費率×負擔比率×（1＋依附眷屬人數）

補充保費=各項補充保險費之所得金額×費率2%

1、上述各項補充保險費之所得，包含的範圍有
● 所屬投保單位給付全年累計逾當月投保金額4倍部分之獎金
● 非所屬投保單位給付之薪資所得（兼職所得）
● 執行業務收入
● 股利所得
● 利息所得
● 租金收入

2、免扣取補充保險費範圍則有
●單次給付金額逾1,000萬元新台幣部分
●單次給付金額未達一定金額者
●第二類被保險人之薪資所得（即無一定雇主或自營作業而參加職業工會者，及參加海員總工會或船長公會為會員之外雇船員）
●以執行業務所得為投保金額者之執行業務收入
●已列入投保金額計算保險費之股利所得
●由自然人（非所得稅法規定之扣繳義務人）給付者

其中應特別注意被保險人及眷屬,需各自依其他所得計算補充保費，即以家戶總所得的概念。另前述各項所得達一定金額以上，須由各類所得扣繳義務人辦理源泉扣繳，並於給付日之次月底前繳納。