台灣經濟部從2009年6月30日起就已經允許大陸公司到台灣投資，依「大陸地區人民來台投資許可辦法」、「大陸地區之營利事業在台設立分公司或辦事處許可辦法」，設立於大陸的企業可以到台灣設立子公司、分公司及辦事處，大陸台商在法律上屬於中國法人，也適用上述台灣對陸資來台的法律法規，但到底該設立子公司、分公司還是辦事處，應依下面分析進行評估。

一、投資形式及業務範圍
陸資來台設立子公司及分公司須經台灣投審會核准，可從事接單、買賣及開發票等實質營運功能；設立辦事處則不須經投審會核准，設立時間短，但僅能從事市場調查、聯繫客戶、簽約及報價等非營利活動。

至於分公司與子公司的差異，在於子公司為獨立法人，其股東的風險以出資額為上限，可將風險控制在一定範圍內；但分公司本身無有限責任的保障，總公司對於分公司的債務需要負連帶清償責任。

二、稅務成本
子公司應就其在台灣境內外全部所得，課徵17%的營利事業所得稅，並對未分配盈餘加徵10%的所得稅。且未來盈餘分配時，因其股東為台灣境外母公司，依法應就源扣繳20%盈餘分配所得稅。但因子公司是在台灣為依法成立的獨立法人，只要符合相關規定就可申請產業創新條例等租稅獎勵。

分公司依台灣境內所得課徵營利事業所得稅，但稅後盈餘匯回總公司時，由於不是盈餘分配，所以不用再就源扣繳所得稅。辦事處則因無法從事營利活動，所以沒有稅務負擔。

另外，根據2009年大陸國稅總局125號文「關於企業境外所得稅收抵免有關問題的通知」規定，企業在大陸境外設立不具有獨立納稅地位的分支機構，相關費用不得抵減其中國境內的應納稅所得額。所以財務上大陸公司透過合併報表認列分公司或辦事處的相關費用，在稅務上將無法於總公司帳上稅前列支。

三、資金來源
大陸母公司對台灣子公司所投入的註冊資本，在大陸須先取得外匯管理局及商務部審批核准後，才可將資金匯出，如果是辦事處或分公司所需的營運資金，根據大陸外匯管理局「『非貿易售付匯及境內居民個人外匯收支管理操作規程』（試行）的通知」規定，須向銀行提交申請證明、經費預算書及商務部門批准設立的批文，才能將經費匯出，至於實務上是否須經外匯管理局核准，則依各銀行具體規定辦理。

四、共同管理費用分攤
母公司與子公司因係屬不同權利主體，各自負擔盈虧，故無法分攤共同管理費用；但分公司可在結算申報時提示規定文件，比如境外總公司經會計師簽證並經台灣當局認可的審計報告，列報分攤境外總公司管理費用。