當總公司與分公司均從事加工貿易生產，且又分屬不同關區時，分公司是否與總公司執行相同的海關、外匯和出口退稅政策，「海關對加工貿易貨物監管辦法」（以下簡稱168號文）及相關辦法進行了規定，台商應特別關注如下事項：

一、加工貿易手冊及異地報關
依據168號文規定，經營企業只有取得加工貿易業務批准、加工貿易加工企業生產能力證明，以及必須在海關註冊登記的，才能取得海關核發的加工貿易手冊。

而取得加工貿易業務批准的重要條件，是取得經營企業進出口經營權。依據外經貿發[2001]第370號規定，生產企業申請自營進出口權應具備企業法人資格；同時，海關總署公告2005年第18號「海關對報關單位註冊登記管理規定」指出，進出口貨物收發貨人的分支機構無論其是否取得「對外貿易經營者備案登記表」，都不能在海關辦理註冊登記。若分支機構需要報關的，應使用總公司的註冊登記編碼，在全國各口岸報關，即分公司可以用總公司名義，在異地辦理保稅貨物進出口報關手續。

因此，上述規定均明確了分公司既不能取得加工貿易手冊，也不能以其名義在其所在地口岸報關。

二、保稅貨物的異地監管
雖有上述分析，分公司並非就無法進行加工貿易業務。依據168號文規定，經營企業與加工企業不在同一直屬海關管轄區域範圍，應當按照海關對異地加工貿易的管理規定，辦理貨物備案手續（註：總公司可認為經營企業，分公司可認為加工企業）。

海關總署令第74號「海關關於異地加工貿易的管理辦法」也指出，經營單位主管海關在核准其異地加工申請後，將「海關異地加工貿易申請表」、「加工貿易業務批准證」、「加工貿易加工企業生產能力證明」一併製作關封，交經營單位憑以向加工企業主管海關辦理合同登記備案，也就是說，分公司保稅貨物的監管由其主管海關代為進行了。實務中，各地海關作法也不同，也有僅需要總公司提出申請，經主管海關審核後備案，分公司即可進行異地加工貿易，保稅貨物的監管仍由總公司主管海關進行，該海關屆時可對分公司進行查廠，判定分公司日常營運是否符合海關監管規定。

三、加工貿易手冊的保證金
168號文規定，經營企業或者加工企業有下列情形之一的，海關可以在經營企業提供相當於應繳稅款金額的保證金或者銀行保函後予以備案，即租賃廠房或設備，及已辦理加工貿易異地備案。

綜上所述，由於分公司不屬於獨立法人，分公司在從事加工貿易時，應以總公司名義取得加工貿易手冊、以總公司名義在分公司所在地口岸報關，但須由總公司繳納一定的保證金。

四、外匯核銷及出口退稅
因分公司是以總公司名義辦理進出口報關手續，因此，依據匯發[2003]15號「關於對憑進口貨物報關單證明聯辦理售付匯及核銷實行分類管理的通知」、國稅發[2004]64號「關於出口貨物退（免）稅管理有關問題的通知」、國稅發[2005]51號「關於印發『出口貨物退（免）稅管理辦法（試行）』的通知」的規定，外匯核銷和出口退稅必須由總公司在其所在地外匯及稅務部門辦理。

由於分公司是受託加工，其開具的加工費增值稅發票，總公司可以進行合理抵扣或辦理出口退稅。而且總分公司因屬同一法人主體，之間的交易不屬於關聯交易。