海關特殊監管區域是指「保稅區、出口加工區、保稅物流園區、保稅港區、綜合保稅區、保稅物流中心」等。實務中，有些企業的深加工結轉業務，在通過海關特殊監管區域出貨時，由於部分手續或單證上的疏忽，導致因不符合出口退稅條件，而被稅務機關按內銷要求補稅甚至罰款。台商在涉及海關特殊監管區域的出口退稅事項時，應特別關注以下重點：

一、享受出口退稅前須先符合的條件
1. 必須是報關且真實離境的貨物，憑證為海關的出口報關單退稅聯；
2. 必須是在財務上已經作為銷售處理的貨物，憑證為出口專用發票；
3. 必須是出口收匯的貨物，憑證為外匯管理局的收匯核銷單及銀行收匯水單。
但也有特殊政策值得台商留意，從海關特殊監管區域外進入區內的貨物，雖未真實離境，也可視同已離境享受出口退稅。

二、加工貿易企業通過海關特殊監管區域出貨享受出口退稅，應規範操作，亦即發票流、物流、資金流須一致
目前，企業通過海關特殊監管區域出貨並享受出口退稅的交易模式有三種，一是加工貿易企業直接將貨物銷售給在海關特殊監管區域內註冊的企業，發票開立和貨款收取均與海關特殊監管區域內的企業往來；其次是加工貿易企業在名義上將貨物銷售給境外企業，發票開立和貨款均與境外企業往來，但由於海關特殊監管區域形式較多，執行出口退稅政策上各地存在差異，但發票流、物流、資金流三者須一致的要求均相同。單以昆山為例，昆山市國稅局2007年7月28日發文規定，企業出口至保稅物流園區及保稅物流中心的貨物，其發票流、物流、資金流不一致的情況下，不符合免抵退稅政策且應視同內銷徵稅。

因此，為避免無法申請出口退稅，台商應採取具體措施如下：
1. 須取得報關單出口退稅專用聯，但簽定合同、開具發票、貨款資金等均與國內企業往來；
2. 取得報關單出口退稅專用聯，但其合同、發票均與境外企業或物流園區內註冊的企業之間往來，資金則仍與大陸境內企業來往。

三、貨物進入保稅區後，與保稅區企業進行交易，則不能享受出口退稅
根據國稅發[2000]165號「國家稅務總局關於出口退稅若干問題的通知」，保稅區外的企業透過出口銷售貨物給境外企業，如果外商將貨物存放在保稅區內的倉儲企業，貨物出口離境時由倉儲企業辦理報關手續，則保稅區外的出口企業可憑貨物進入保稅區的出口貨物報關單（出口退稅專用聯）、倉儲企業的出口備案清單及其他規定的憑證，向稅務機關申請辦理退稅。保稅區海關須在上述貨物全部離境後，方可簽發貨物進入保稅區的出口貨物報關單（出口退稅專用聯）。也就是通常所說的，必須完成二次報關，且須憑著離境備案清單，和貨物進入保稅區的出口報關單，來辦理出口退稅。

四、加工貿易企業與保稅區貿易公司在物流園區設立的非獨立核算分公司進行交易的出口退稅問題
加工貿易企業與保稅區貿易公司在物流園區設立的非獨立核算分公司進行交易，由於最終利益由保稅區貿易公司獲得，實質上也是與保稅區貿易公司交易，即使貨款由物流園區分公司支付，其反映的法律關係也是加工貿易企業與保稅區貿易公司之間的關係，存在稅務機關不予辦理出口退稅風險。