匯算清繳是指納稅人在年度終了五個月內，依企業所得稅法規定向主管稅務機關辦理年度納稅申報，結清全年企業所得稅稅款的行為。台資企業一般的匯算清繳要報送31張報表，而每年的匯算清繳重點稍有不同，以2010年為例，台資企業應重點關注以下事項：

一、收入確認

企業銷售收入一般以權責發生制和實質重於形式原則確認收入，但也有三種特殊情況，首先是視同銷售貨物應稅所得的確認，除正常銷售收入外，根據規定，企業發生將貨物用於捐贈、償債、贊助、廣告、樣品、職工福利或利潤分配，應視同銷售收入，也應作為計算業務招待費或廣告費列支限額的基數；其次是不符合稅收規定的銷售折扣和折讓，實務中，企業常發生不符合稅收規定的銷售折扣和折讓行為，如果未取得「進貨退出及索取折讓證明單」，則上述折扣折讓額在匯算清繳時不得從銷售額中減除。

最後是租金收入最新規定，企業提供固定資產等使用權所取得租金收入，應按交易合同規定的承租人應付租金日期進行確認收入的實現。同時根據2010年最新公布的79號文「關於貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知」，對租賃期限跨年度且租金提前一次性支付，可在租賃期內分期均勻地計入年度收入，如此也實現了會計和稅法的統一。

二、扣除項目

稅前扣除項目在2010年有新規定，以下面兩項科目最受關注：

1. 固定資產折舊
因工程款項尚未結清且未取得全額發票的固定資產，可暫按合同規定的金額計入固定資產計稅基礎計提折舊，待發票取得後再進行調整，但同時要求該項調整應在固定資產投入使用後12個月內進行。

2. 佣金手續費
一般企業發生與生產經營有關的手續費或佣金，所得稅稅前可列支金額，不得超過所簽定的服務協定或合同收入金額的5%。

三、資產報損

匯算清繳時，企業實際發生的資產損失按稅務管理方式可分為兩大類，分別是自行計算扣除的資產損失，和須經稅務機關審批後才能扣除的資產損失。

1. 須稅務局批准後的資產損失專項，包含應收帳款的債務人依法宣布破產、關閉等，逾期三年以上的應收款項，存貨及固定資產盤虧、被盜、毀損和變質損失。要特別提醒的是，對存貨報廢而導致不能抵扣的增值稅進項稅，也可以併入損失金額一起申報抵扣所得稅。
2. 企業可自行計算扣除的主要專項，有正常經營管理活動中的銷售、轉讓、變賣固定資產、存貨；存貨發生的正常損耗；固定資產達到或超過使用年限，而正常報廢清理的損失。

四、優惠政策

企業發生研發費用，未形成無形資產計入當期損益，在按規定據實扣除基礎上，按研究開發費用的50%加計扣除；如果已形成無形資產，則按無形資產成本的150%進行攤銷。

另外，有幾個重點值得台資企業特別關注：
1. 虧損企業符合條件的研發費用也應申請享受加計抵扣待遇，可以合理擴大虧損基數，向後結轉五年進行彌補。
2. 江蘇省要求企業申報研發費加計抵扣必須先取得科委立項批覆，同時要附送中介機構研發費專項報告，上海就沒有此項規定，但對企業研發項目有異議時，可要求企業提供政府科技部門的鑑定意見書。

至於跨地區經營，須彙總繳納企業所得稅的台資企業，先由總機構統一計算應納稅所得額和應納所得稅額，由於分支機構不進行匯算清繳，須將總分機構間交易未實現的銷售利潤相互抵消進行處理。