自2009年「境外投資管理辦法」及「境內機構境外直接投資外匯管理規定」生效後，大大簡化了台資企業從大陸赴境外投資的審批程序。大部分企業境外投資只需要上報省級商務部門審批即可，境外投資審批前的外匯資金來源審核也已取消，只要辦理審批後外匯登記即可；但對特殊地區投資（如赴台灣地區投資）則仍須上報國家商務部，程序相比起來要複雜一些。

一般來說，台資企業赴境外投資大致需要以下幾個步驟：
1. 申領登錄「對外投資合作資訊服務系統」所需的特定CA證書；
2. 使用CA證書登錄「對外投資合作資訊服務系統」，進行境外投資網上申報；
3. 憑書面申請報告、「境外投資申請表」、「批准證書」、「營業執照」、「組織機構代碼證」等資料，向企業直屬地方商務部門提出申請，最終轉報省級商務部門核准後取得「境外投資批准證書」；
4. 憑「境外投資批准證書」、外匯帳戶對帳單、「企業境外直接投資外匯登記申請表」等資料，向所在地外匯管理局申請境外投資外匯登記；
5. 至境外投資地辦理公司註冊登記手續，並取得境外公司註冊登記證明；
6. 境外公司憑其註冊登記證明及「境外投資批准證書」，向中國駐該境外公司所在國使館辦理報到登記，並將報到回執交給境內投資主體所屬的省級商務部門進行備案；
7. 登錄「對外直接投資統計系統」，建立境內投資主體與境外投資公司的電子資訊檔案，並在向境外匯出資金當月及時進行統計報表上報。

儘管赴境外投資的程序已經簡化，但在申請境外投資過程中，仍需要注意幾個問題：首先，提交審批時，境外子公司名稱中如果有「投資」字樣便須到商務部審批；境外子公司經營範圍中不能有「培訓」字樣；境外子公司如果功能定位為開展國際貿易，則經營範圍可設定為「貿易、諮詢、售後服務」。

其次，企業進行境外投資的外匯資金可出自資本金帳戶，也可出自外幣結算戶。也就是說，如果企業辦理境外投資外匯登記，所申報的外幣結算戶外匯餘額不足以支付境外投資的資本金時，可由企業外匯資本金帳戶進行對外匯款，而不必另行向外匯管理局申報，有些地方外匯管理局在核准資金匯出時，遇到註冊在香港的境外子公司，要求其開戶行必須是香港的銀行，而不能任選香港以外的境外銀行開立OBU帳戶。

第三，如果企業透過境外子公司再投資孫公司，則需要登錄「對外投資合作資訊服務系統」，填報「境外中資企業境外投備案表」，並將相關書面資料向所屬商務部門備案。

第四，企業作為境外投資主體，只能為其境外子公司提供擔保，而不能直接為其孫公司提供擔保，但必要時，可以考慮再在海外以子公司名義為孫公司提供擔保。

第五，要注意CA證書只有一年的有效期，必須及時更新；境外投資也需要進行聯合年檢；「對外投資合作資訊服務系統」中的「網上證書發放系統」，該系統只能登錄查看，如果有變動項目，只有經過審批或備案後，由商務部門更改；其中的「境外公司統計資訊系統」可及時登錄自行更新有關資訊，如外匯資金匯出、季報或年報等。

第六，企業還應注意保存能夠證明該境外投資給企業帶來利益的文件，如境外子公司與海外客戶簽定的買賣合同等，以確保企業能享受地方政府針對境外投資給予的特殊財政補貼。