自2009年1月1日新增值稅條例實施以來，增值稅由生產型轉向消費型過渡，導致部分政策發生了變化，台商應特別關注以下六大變化：

一、增值稅專用發票認證期延長
自2010年1月1日起，調整增值稅專用發票等扣稅憑證抵扣期限，從開具之日起90天延長至180天，並在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。

二、固定資產進項稅額可以抵扣
1. 除用於不動產等少數情況外，2009年1月1日以後實際發生與生產經營相關的固定資產進項稅額可以抵扣。

2. 取消了進口設備免徵增值稅及國產設備退稅相關規定，雖然該取得的增值稅進項稅額可以獲得抵扣，但也增加了企業資金被占用的情形。

特別是企業從事深加工結轉、來料加工等貿易方式，在實行「比例法」轉出進項稅額（按深加工結轉、來料加工收入占全部銷售收入的比例計算進項稅額轉出）時，只有部分進項稅額獲得抵扣；而若企業當月全部從事深加工結轉或來料加工，其當月取得的固定資產進項稅額將全部轉出，這部分增加了企業的成本。

在採取「帳實法」計算「免稅不退稅」進項稅額轉出時，依據「增值稅暫行條例實施細則」規定，當該固定資產既用於增值稅應稅項目（不含免徵增值稅項目）也用於非增值稅應稅項目時，仍可全額給予抵扣（專用於深加工結轉、來料加工設備除外）。

基於「比例法」與「帳實法」存在固定資產進項稅額轉出時的差異，當企業在按「比例法」轉出進項稅額時，可合理運用增值稅專用發票抵扣期限延長至180天的政策，預計某月深加工結轉、來料加工收入占全部銷售收入的比例來核算固定資產進項稅額，以爭取最大的稅收利益。

3. 銷售舊固定資產不再區分其售價是否低於原值，對於2009年1月1日以後購入的固定資產按17%進行課稅；2009年1月1日之前的按4%減半徵收，但若是由於銷售方無法開具增值稅專用發票，則購買方也不能獲得進項稅抵扣。

三、開具紅字增值稅專用發票
對於發生銷貨退回、開票有誤等情形，但不符合作廢條件或因銷貨部分退回，發生銷售折讓等情形須開具紅字發票時，必須先取得稅務部門的「開具紅字增值稅專用發票通知單」，然後再對應通知單開具紅字增值稅專用發票。

「通知單」與紅字增值稅專用發票必須一一對應，同一張藍字增值稅專用發票在其開票金額範圍內可多次申請「通知單」。

四、禮品贈送
企業購買禮品贈送客戶，原稅法依據其與該企業當期或近期產品售價進行對比，若不可比則按增值10%課徵增值稅。而企業所購禮品一般不會自己生產，因此贈送客戶的禮品往往要被課稅。新增值稅條例規定該可比售價中加入了其他企業銷售價，當企業按市價購買禮品時，該禮品贈送客戶可參照其他企業售價，不存在增值而繳納增值稅。

五、存貨報廢進項稅額是否轉出
根據新增值稅條例規定，非正常損失的購進貨物及相關應稅勞務的進項稅額需要轉出。該非正常損失是指因管理不善，造成被盜、丟失、霉爛變質的損失，係主觀原因造成。而企業因自然災害損失、訂單取消造成原材料或者成品報廢等情況，係客觀原因，均不屬於非正常損失，其涉及的進項稅額無須轉出。

六、兼營行為增值稅處理
對於兼營行為，不論增值稅新舊條例或實施細則，都要求分別核算銷售額和營業額，不能分別核算或準確核算的，舊增值稅實施細則規定一併徵收增值稅，不徵收營業稅，而新增值稅實施細則規定由主管稅務機關分別核定貨物、增值稅應稅勞務的銷售額和營業稅應稅勞務的營業額。