遭遇專利侵權，大部分的台商都是透過法院尋求司法協助，但由於專利侵權案件有取證難、保全也難的特點，透過訴訟很難在短時間內迅速維護專利權人的利益，而且透過訴訟解決專利侵權，台商也需要付出高額的訴訟成本。反觀海關作為貨物出入境監管機關，可以很快地在出口環節上遏止侵權貨物流通，達到迅速申張權利的目的，同時也能減少訴訟耗時耗錢的缺點。對台商而言，借助海關進行專利權的保護，在實務中更具操作性。

海關對於專利權的保護，可以分為主動保護和被動保護兩種：

一、主動保護
指海關如在監管過程中，發現進出口貨物涉嫌侵犯已在海關總署備案的專利權，會主動通知專利權人，並在專利權人提出扣留侵權嫌疑貨物申請後，直接扣留侵權嫌疑貨物。由於專利侵權案件的專業性極強，海關常會請求國家知識產權局協助調查，對侵權嫌疑貨物進行技術鑑定。

如果海關在扣留侵權嫌疑貨物後30個工作日內做出了侵權認定，則海關有權直接沒收侵權貨物，在此情況下，侵權貨物的收、發貨人極有可能被迫向專利權人妥協，如此一來，專利權人不必透過訴訟就可以達到維權目的。

反之，海關無法在上述期限內做出侵權認定，則專利權人仍須訴諸法院。海關扣留侵權嫌疑貨物的期限是50個工作日，因此，如果海關無法在30個工作日內做出侵權認定，專利權人應立即向法院提起訴訟，同時申請證據保全及財產保全；或者向法院提出訴前責令被申請人停止侵犯專利權行為的申請，那麼法院仍有足夠的時間，在海關扣留期限屆滿之前完成保全措施，以利後續的訴訟進行。

台商借助海關啟動專利權的主動保護機制，還須特別注意以下重點：
1. 享受主動保護的專利權必須事先在海關總署備案，海關專利權備案費用每項為800元人民幣（下同），備案有效期為十年；有效期屆滿前六個月內，可以向海關總署申請續展備案。
2. 專利權人須在提交書面申請後的三個工作日內，向海關提供適當的擔保，擔保的金額通常為被扣留貨物價值的50%，但最低不少於二萬元，最高不超過十萬元。

二、被動保護
所謂「被動保護」是指專利權人發現有涉嫌侵權的貨物即將出口，向出境地海關提出扣留侵權嫌疑貨物的申請，並提供足以證明侵權事實的證據，以及與被扣留貨物等值的擔保，海關應依申請啟動專利權保護程序，扣留侵權嫌疑貨物。海關依申請扣留貨物的期限是20個工作日。

與主動保護相比，在被動保護機制下，海關僅能依申請暫時扣留侵權嫌疑貨物，而不會就貨物是否侵權做出實質性認定，最終仍須訴諸法院。
此外，被動保護下，海關對專利權人有更高的舉證要求，專利權人須自行調查侵權嫌疑貨物有關情況，向海關提供扣留貨物的線索，並提供證據來證明侵權事實，而且專利權人提供擔保的成本會更高。專利權人須在遞交書面申請後的三個工作日內，提交與被扣留貨物等值的擔保，用於賠償可能因申請不當給收貨人、發貨人造成的損失，以及支付貨物由海關扣留後的倉儲、保管和處置等費用。