2009年1月1日起大陸開始實施新版「增值稅暫行條例」及「增值稅暫行條例實施細則」。其中存貨損失所涉及的進項稅額轉出，與原規定有所不同，主要差異體現在以下幾個層面：

一、存貨損失進項稅額轉出新舊規定對比表

二、主要變化
新規定對非正常損失進行了重新界定，對原規定中的不合理或自由裁量太多的部分予以刪除，即刪除了原規定非正常損失中的自然災害損失與其他非正常損失。
從新規定可以合理推斷，如果企業發生自然災害損失、因訂單取消而造成原材料或者成品報廢等情況，均不再屬於非正常損失，而是屬於正常損失範圍內，涉及的進項稅額不需要轉出。對於企業在經營過程中需要處理的過期存貨，只要不屬於因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失，那麼所耗用購進貨物的進項稅額也無須轉出。

三、案例
實務操作中，企業首先應正確判斷存貨損失是否為非正常損失。區分正常損失與非正常損失的關鍵，在於區分造成存貨損失的原因是主觀因素還是客觀因素，如果是主觀原因造成的存貨損失，則屬於「非正常損失」；如果由客觀原因造成的，則屬於正常損失。其次，是正確計算其涉及的不得從銷項稅額中抵扣的進項稅額，舉例如下：

甲公司為增值稅一般納稅人，適用增值稅稅率17%。7月底公司財產清查中發現，庫存A原材料短缺6,000元，B產成品短缺4,000元（假設材料占比40%），經查短缺的貨物是由於倉庫管理員管理不善造成；由於遭受水災，損失產成品成本60,000元；8,000元半成品係因訂單取消造成積壓，已無使用價值；那麼就該企業實際情況，進項轉出計算如下：

1. 企業管理不善的非正常損失貨物所涉及進項稅額轉出＝6,000×17%+4,000×40%×17%＝1,292元；
2. 水災造成的損失60,000元屬於自然災害造成的，不須進項稅金轉出；
3. 削價處理的半成品8,000元，不屬於非正常損失範圍，不須進項稅金轉出。

最後必須說明的是，根據「企業資產損失稅前扣除管理辦法」的通知（國稅發[2009]88號）第五條規定，企業各項存貨發生的正常損耗屬於自行計算扣除的資產損失，無須經稅務機關審批。企業發生的資產損失，凡無法準確辨別是否屬於自行計算扣除的資產損失，可向稅務機關提出審批申請。對存貨發生的非正常損失，則需要稅務機關審批後才能扣除。