台資企業在大陸所聘用的台籍員工，與台灣母公司派駐大陸的台籍員工，在法律上應給予區別對待，後者作為母公司派遣人員，勞動關係仍隸屬台灣母公司，因此和大陸公司無須簽署勞動合同，只需有勞務關係的任職文件或聘任文件即可，但在一年內被派駐到大陸累計工作時間滿三個月，須在大陸辦理就業證；前者作為在大陸境內就業的人員，根據2005年10月1日國家勞動和社會保障部頒布實施的「台灣香港澳門居民在內地就業管理規定」，應與用人單位建立勞動關係，並按「社會保險費徵繳暫行條例」規定繳納社會保險費，而且一樣須在大陸辦理就業證。

但與大陸一般的勞動合同不同，台資企業與台籍員工簽署或履行勞動合同，應注意以下幾個問題：

一、台籍員工的社保福利待遇問題
儘管按規定台籍員工應與國內員工一樣簽定勞動合同，但在社保福利待遇上，由於大陸社會保險聯網體系尚未實現，因此絕大部分城市與地區都沒有建立外籍員工（包含台籍在內）社保繳納系統，也就使得上述規定僅作為政策上的主張，實務中難以實現。

蘇州及天津曾分別於2005年6月14日及2008年1月1日頒布實施「關於外國人、華僑和台港澳人員參加社會保險有關問題的通知」、「天津市外國人和台港澳人參加社會保險的規定」，允許外籍及台港澳員工可參加所在地的養老保險、醫療保險和工傷保險，並享受相應待遇，還規定如該外籍員工領取基本養老保險待遇前，與用人單位解除勞動關係並離開大陸，可一次性申領其基本養老保險個人帳戶儲存額和基本醫療保險帳戶實際結餘額。

二、台籍員工的勞動合同義務及發生勞動爭議處理原則
實務中，台籍員工真正與所屬企業簽定勞動合同的情況並不多見，很多都只是關於職位、薪資等簡單約定，但這並不意味著台籍員工因此而無須遵守其所在企業的勞動規章制度及相關義務，如雙方發生勞動爭議，尤其涉及到薪資待遇、加班費、休息時間、公司規章制度的遵守、保密協定、競業限制協定、經濟補償金與賠償金等問題時，仍應適用大陸「勞動法」、「勞動合同法」等條款約束，其勞動爭議的處理也應同大陸員工一樣，遵從協商、調解、仲裁、訴訟等解決方式。不過，必須提醒的是，在符合訂立勞動合同的前提下，如果台籍員工沒有和企業訂立勞動合同或辦理就業證，則實務中會認定該台籍員工和企業之間的關係為勞務關係，相對應處理程序也就變成了上法院訴訟的解決方式，不能以仲裁進行處理，台籍員工自然也得不到「勞動法」的保護。

此外，台資企業和台籍員工間的勞動合同一旦解除，則企業應自終止勞動合同或台、港、澳人員任職期滿之日起10個工作日內，到原發證機關辦理就業證註銷手續。