股權轉讓的稅務問題，在財稅[2009]59號文「關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知」中，有關股權轉讓損益、計稅基礎及所得稅事項方面，分別對一般性稅務處理規定，和特殊性稅務處理規定進行規範。

一、適用條件
如果股權收購同時滿足以下條件，可適用特殊性稅務處理規定；反之，則適用一般性稅務處理規定：
1.　符合反避稅條款，即股權收購具有合理商業目的，不以減少、免除或推遲繳納稅款為主要目的。
2.　體現控制的實質性，即收購企業股權不低於被收購企業全部股權的75%，且收購企業的股權支付金額，不低於其交易支付總額的80%。
3.　保持經營連續，即被收購企業在重組後的連續12個月內，不改變原主營業務內容。
4.　保證權益連續，即被收購企業的原股東在重組後連續12個月內，不再轉讓股權給第三方。
對於外商在同一控制下境外股權轉讓行為，59號文更強調了附加條件，方可享受特殊性稅務處理規定，包括：
1.　股權轉讓應滿足股權支付的基本條件。
2.　股權轉讓行為，並沒有因此造成以後該項股權轉讓預提所得稅發生變化。
3.　轉讓方股東應向境內稅務機關書面承諾，三年內不得轉讓受讓方股東的股權

二、特殊性稅務處理規定與一般性稅務處理規定的差異
必須注意的是，在特殊性稅務處理中，如果股權收購採用股權支付和非股權支付結合的方式，則對該股權支付暫不確認有關資產的轉讓所得或損失，其非股權支付仍應在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，並調整相應資產的計稅基礎。
非股權支付對應的資產轉讓所得或損失＝（被轉讓資產的公允價值－被轉讓資產的計稅基礎）×（非股權支付金額÷被轉讓資產的公允價值）。

另外，在一般性稅務處理中，股權轉讓所得應按「企業所得稅法」第19條規定，以收入全額減除財產淨值後的餘額為應納稅所得額。但財產淨值如何確定，目前尚無明確的政策出爐，特別是轉讓收入是否能扣減未分配利潤或盈餘公積。因此，建議在政策尚未明朗的前提下，外商可先分配利潤後，再進行股權轉讓。