新企業所得稅法明確企業開發新技術、新產品、新工藝發生的研發費用，可享受50%加計扣除的稅收優惠政策。但根據「企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）」，並非企業發生的所有研發費用都可以加計抵扣，因此台商在申請研發費用加計抵扣前，應先注意以下幾個重點：

一、從事研發行為須符合規定
企業進行的研究開發項目，須屬於「國家重點支持的高新技術領域」，和國家發改委等部門公布的「當前優先發展的高技術產業化重點領域指南（2007年度）」，除此之外均不符合規定。因此，企業在歸納可加計扣除研發費用的內容時，應先進行了解。

二、正確歸集研發費用
企業當年發生且屬於下列八項費用範圍，才能申請加計抵扣：
1. 新產品設計費、新工藝規程制定費，以及與研發活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費。
2. 從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用。
3. 在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼。
4. 專門用於研發活動的儀器、設備的折舊費或租賃費。
5. 專門用於研發活動的軟體、專利權、非專利技術等無形資產攤銷費用。
6. 專門用於中間試驗和產品試製的模具、工藝裝備開發及製造費。
7. 探勘開發技術的現場試驗費。
8. 研發成果的論證、評審、驗收費用。

對於規定範圍外的研發費用，如為研發活動提供服務的管理人員所發生的人工費用、房屋的折舊費或租賃費、研發人員的差旅費或交際應酬費，以及儀器設備的運行維護、維修等費用，都不屬於加計抵扣範圍。但實務中，不同稅務機關對上述政策執行的嚴格程度，還是略有差異。

至於委外發生的研發費用，企業須提供受託方研發項目費用的支出明細，也必須符合上述八項費用範圍，超過範圍（如受託方研發項目的利潤、稅金等）均不可申請加計扣除。

年底匯算清繳除須準備一般性資料外，各地稅務機關在提交資料的內容上還有不同要求，例如上海要求在進行備案前，企業要先向主管稅務機關報送研發專案的立項資料；江蘇則是要求在備案時，額外提交「企業研究開發費用立項備案表」，和「企業研究開發專案情況說明書」等。

台商要特別注意的是，企業實際發生的研發費用，在預繳所得稅時只能據實計算扣除，在匯算清繳時才能按規定計算加計扣除。另外，即使企業當年度虧損，也應該申請研發費加計扣除，因為加計扣除部分可以形成企業年度虧損，用以後年度盈利進行彌補，同樣可以達到節稅目的，但必須注意虧損結轉年限最長不得超過五年。