2009年4月30日財政部和國家稅務總局聯合頒布了59號文「關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知」，其中針對企業分立重組的涉稅問題，與原規定最大的區別在於虧損延續彌補、資產計價及所得稅優惠處理須區分不同條件，並分別適用一般性稅務處理或者特殊性稅務處理規定。

一、一般性稅務處理和特殊性稅務處理的適用
1. 一般性稅務處理和特殊性稅務處理概念
所謂一般性稅務處理，就是按照公允價值為基礎，確認資產轉讓的所得或損失；而特殊性稅務處理，就是按照原有計稅基礎延續確認。很明顯，一般性稅務處理在交易時就可能發生納稅事項，特殊性稅務處理則在交易時無納稅事項。

2. 如何適用
59號文規定企業分立股權在支付對價的股款時，當被分立企業股東在該企業分立發生時，取得的股權支付金額不得低於其交易支付總額的85%，滿足該情況才能適用特殊性稅務處理規定。
所謂股權支付，是針對非股權支付而言。而非股權支付，則指以本企業的現金、銀行存款、應收款項、本企業或其控股企業股權和股份以外的有價證券、存貨、固定資產、其他資產及承擔債務等，作為支付的形式。因此，59號文的宗旨是鼓勵企業以股權形式重組。通常情況下，一家企業按照資本額簡單分拆，且股東不發生變化，則實務中應均適用特殊性稅務處理規定。

二、虧損延續彌補
59號文還針對企業分立適用特殊性稅務處理作出解釋，被分立企業未超過法定彌補期限的虧損金額，可按分立資產占全部資產的比例進行分配，並由分立企業繼續彌補。若企業分立適用一般性稅務處理規定，則企業分立相關的虧損不得相互結轉彌補。

三、所得稅優惠處理
所得稅是企業分立重組必須考量的重點，59號文規定不區別是否適用一般性或特殊性稅收處理，分立後存續企業性質，及適用稅收優惠條件未發生改變，可以繼續享受分立前該企業剩餘期限的稅收優惠，其優惠金額按該企業分立前一年的應納稅所得額（虧損計為零），乘以分立後存續企業資產占分立前該企業全部資產的百分比。根據之前的分立規定，凡分立前享受有關稅收優惠尚未期滿，分立後的企業可繼續享受至期滿。

四、資產計價處理
企業分立如適用一般性稅務處理規定，或雖然適用特殊性稅務處理規定，但對其中非股權支付的部分，仍應當在交易當期確認相應的資產轉讓所得或損失，並調整相應資產的計稅基礎。而根據原先的分立規定，分立後各企業的資產、負債和股東權益，應按分立前企業的帳面歷史成本計價，不計算資產轉讓所得或損失。

除了上述三個主要區別之外，今年的59號文還規定被分立企業不再繼續存在時，被分立企業及其股東都應按清算進行所得稅處理，而原分立規定企業不論採取何種方式分立，均不須經清算程序。