大陸海關保稅核查辦法從2008年6月1日起執行，海關透過歸類、加工貿易、減免稅、價格稽查等程式，對監管期限內的保稅加工貨物、保稅物流貨物進行驗核查證，主要分成以下兩大重點：

一、對加工貿易企業來說，海關主要查核以下重點：
1. 帳冊設置是否規範、齊全。
2. 開展深加工結轉、外發加工業務時，是否符合海關對深加工結轉或外發加工條件和生產能力規定。
3. 申報進口料件和出口成品的商品名稱、商品編碼、規格型號、價格、原產地、數量等是否真實。
4. 申報的單耗是否真實。
5. 申報的深加工結轉以及外發加工貨物的商品名稱、商品編碼、規格型號、數量等是否真實。

二、針對四種海關稽查，保稅加工企業應重點關注以下幾個層面：
1. 商品歸類
「報關實用手冊」上的稅則號相對準確和完整，但有些稅則號目前還是存在爭議，每年都在變動和增加，現有的稅則號僅是目前進出口貨物中，已在海關進行過商品歸類，企業要根據自己產品的實際情況，委託報關公司去海關歸類中心申請新的稅則號。

2. 實物餘料與手冊餘料平衡
海關進廠核查時，會對企業倉庫帳和財務帳冊進行抽查，核對倉庫庫存實際數量與帳冊是否相符，核對關務手冊的理論庫存與實際庫存是否相符；所以實物帳、手冊帳、財務帳，三帳相符是企業最基礎的工作。

3. 保稅產品單耗
「海關行政處罰實施條例」規定，未如實向海關申報加工貿易製成品單位耗料，會被處以貨物價值5%以上、30%以下罰款，所以手冊核銷時的實際單耗，如果與海關備案審批的單耗誤差不大，則公司無須補稅。但實際單耗如與海關備案審批的單耗誤差大，海關可能要求工廠補稅，甚至親自駐廠查核。

4. 串料
「加工貿易貨物監管辦法」規定，經海關核准，企業可將保稅料件與非保稅料件串換；但串換限於同一企業、同品種、同規格、同數量、不牟利等原則，所以重點是發生串料情況前，應當事先向海關提出申請。

5. 報廢損失
海關單耗只認可淨耗和工藝損耗，報廢損失必須補交關稅和增值稅，但按規定，保稅料件經海關同意後才能放棄處理或進行銷毀，無須補交關稅和增值稅。所以外商要留意，報廢損失須取得海關受理放棄貨物的申請單證，及銷毀證明的資料必須經海關核實無誤後，才能辦理最終核銷手續。

6. 外發加工
新「加工貿易貨物監管辦法」取消了主要工序不得外發加工的限制， 今後外發加工的成品、剩餘料件，以及生產過程中產生的邊角料、殘次品、副產品等加工貿易貨物，經所在地主管海關批准後， 可以不運回本企業，但企業應按規定對委外加工項目進行海關備案審批。