在公司合併實務中，最重要的工作都集中在財務和稅務、海關、土地、勞動人事等方面，而不是法律或工商方面的程式問題，尤其是財務和稅務層面，各地政府解釋各有不同，也增加了合併操作上的困難，特別是以下重點值得外商多加留意：

一、合併基準日
在基準日後被併方不再發生業務，由合併方公司開具發票。基準日可由公司根據業務移轉情況自行確定，比如一般公司的業務流程是接訂單、安排生產、開具發票、報關出口、外匯收匯核銷、申請出口退稅等，如果公司從接單到報關出
口的週期是60天，合併基準日確定在6月30日，則可給予被併方公司設定的接單截止日為4月30日（或更早一點），以確保在基準日後被併方公司不再開具發票發生業務。

二、零申報
合併基準日後被併方公司不發生業務，每月應注意做零申報。

三、應納稅所得額比例劃分
如果合併的兩公司所處所得稅優惠期不同、稅率不同，可以併帳後按照上一年度，原兩公司的年度營業收入比例、成本和費用比例、資產比例、職工人數或工資數額比例中的一種比例，或多種比例的平均比例加以計算，公司自然可按照對自己有利的比例向稅務局上報，但稅務部門最後有權進行判斷。

四、被併方公司存貨處理
一般被併方公司存貨可作為資產直接結轉進入合併方公司（被併方未抵扣增值稅進項稅額可一併轉入），但也有稅務機關因為稅務系統軟體限制原因，要求公司之間以買賣方式轉移存貨。

五、合併中的匯算清繳
被併方因合併而註銷，稅務註銷前應辦理特別匯算清繳，但也有地方稅務機關因為內部軟體系統不能接受年度當中匯算清繳，所以要求企業在合併初步批覆取得後，及時向稅務局備案，被併方公司當年度剩餘月份須做零申報，季度預
繳所得稅則按照稅務機關核定的應納稅所得額比例繳納，等到年終時一併進行匯算清繳。
如果被併方公司涉及出口退稅，則必須完成已經出口產品對應的手冊核銷，並提交全部報關單，完成全部外匯核銷手續，取得出口退稅，完成退稅環節的匯算清繳，才能進入最終的所得稅匯算清繳。

六、合併中的驗資
按照規定，合併後兩公司註冊資本疊加，兩公司合併前提是註冊資本全部到位，因此，合併時註冊資本的變化不須進行實際驗資，只要憑合併批覆檔向外管局申請合併核准件（被合併公司清算核准件，雖然公司合併不須進行清算，
但外管局在合併中出具核准件，還是須視同被併方公司清算後的資產轉入合併方公司）。註冊會計師事務所在向外管局詢證後取得回函，就可出具合併後合併方公司的新驗資報告。