新企業所得稅法中對外商投資企業的稅收優惠政策，只剩下認定為高新技術企業可享受15%最低稅率，購買「環保、節能節水、安全生產」設備（有目錄範圍限制）金額的10%可直接抵扣當年度企業所得稅，及生產節能節水設備的廠商，自該產品開立第一張發票起算，可享受三年免稅三年半稅（細則還未公佈）。其中最實惠也是目前最多外資企業申請的優惠政策，該算是「高新技術企業認定」，目前高新技術企業認定的依據主要來自「高新技術企業認定管理辦法」、「國家重點支援的高新技術領域」和「高新技術企業認定管理工作指引」三份文件。

與之前高新技術企業認定條件相比，新法內容有些差異，主要體現在：

一、擴大企業認證範圍
以往只有高新技術開發區內的高新技術企業才可享受稅收優惠政策，新規定取消了區內區外的範圍限制，同時，「國家重點支持的高新技術領域」也取代原來的「高新技術產品目錄」，並將高新技術服務業納入其中，使製造業以外的
高新技術行業也有機會爭取稅收優惠政策

二、強調企業自主核心知識產權
所謂「核心知識產權」可以是近三年自主研發取得，也可以透過受讓、受贈、購買等方式取得，實務中官方還是傾向於擁有專利證書的企業，這對於把研發部門或技術保護置放在境外，或直接從境外母公司複製技術到大陸從事生產的外商投資企業來說，會成為申請高新技術企業的障礙。

三、突出對技術研發投入的重視
過去對企業用於研究開發的經費應占當年總銷售額的比例，只規定單一的5%；而新法則以銷售收入規模作為劃分基準，要求近三個會計年度的研發費總額占銷售收入總額的比例，如果最近一年銷售收入小於5000萬元，則比例不得低於6%；在5000萬到2億元間，比例不低於4%；而銷售收入超過2億元以上的企業，則比例不低於3%。

高新技術企業申請過程中的研發費用認列有以下幾個重點：

1. 間接研發費用所占比例不可過高，像是研究人員的培訓費、諮詢費、會議費、資料費、辦公費、差旅費等。
2. 委託關係企業進行研發，應按公允價值確認研發費用比例。
3. 如果研發機構同時承擔生產任務，或是研發與生產機構混為一體，要合理劃分研發與生產費用。

另外，此次新法還強調申請高新技術企業認定時，高新技術產品必須是企業的主導產品，而且還要占當年總收入60%以上。

值得一提的是，有許多企業透過各種手段捏造不實數字或報告，藉以取得高新技術企業認定的資格，對此，新法還特別規定將嚴懲這類企業，除追究造成國家稅收損失的法律責任外，還要求五年內不得再行申請。