原「外商投資企業清算辦法」已於2008年1月15日廢止，包含台資企業在內的外商投資企業，今後進行清算都須適用「中華人民共和國公司法」中有關於公司清算的規定。「清算」是指對公司資產、債權及債務進行清理處分， 並對員工進行安置，最後將剩餘財產分配給投資方，在實務中，清算主要涉及到外經貿主管機關、稅務、海關、工商及外匯等部門。

企業決定清算前，須注意如果企業是生產型企業，已經享受完畢「二免三減半」的所得稅優惠政策，萬一清算時經營期限不滿十年，則要繳回之前已享受的所得稅減免稅收。另外，境外投資方在大陸境內取得的利潤，如果有再投資於境內企業或開辦新外商投資企業，也已享受40%或100%的再投資退稅優惠政策，則經營期限不滿五年情況下，境外投資方繳回這些優惠政策所減免的稅收。

外商投資企業清算過程中所涉及的海關問題也很重要，如果企業有免稅進口設備還未超過五年海關監管期限，一方面可以退回境外，或是在境內轉讓給第三方（前提是購買方也需要有免稅額度，否則只能補繳進口環節的關稅和增值稅），要注意轉讓前須先向海關提出申請，以免影響後續清算辦理的進度。另外對於土地、房產等資產，外商獨資企業處分資產時，一般不會要求進行評估，但如果是中外合資企業進行資產處置，應中方股東要求，或是資產中涉及國有資產，都應由第三方專業資產評估機構進行評估。

在執行清算過程中， 企業所成立的清算小組須針對企業各項稅費、基金等進行清理和繳納，要特別注意因清算所導致轉讓固定資產、支付員工經濟補償金等所產生的稅負，以及地稅局針對上述情況所徵收的印花稅、殘疾人就業保障基金等，常會因個別稅收問題而拖延清算進度。另外，勞工安置也是清算過程中相當棘手的問題，審批部門會要求申請清算的企業提供勞動關係終止相關說明。根據「勞動合同法」規定，因投資方提前解散公司，應依員工工作年限，以每滿一年就須支付一個月工資的標準作為經濟補償金。實務中，勞工問題是每個進行清算的企業最難處理的狀況，因為勞工不僅是法律層面的問題，還會涉及到當地勞動局對所謂勞工權益是否受到保障與否的判斷。

最後，企業清算後的財產優先用於支付清算所發生的費用、員工薪資、稅款，以及其他債務後，才可分配給投資方，如果境外投資方準備在境內進行其他投資，則可直接向當地外匯管理局申請，將清算後的財產作為境內再投資的出資資本。