大陸「公司法」、「公司登記管理條例」、「外商投資商業領域管理辦法」，以及財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關於印發「『跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法』的通知」等規定，是台商在設立分公司時要注意的法律依據，其中有幾個重點值得台商留意：

一、表面上看分公司擁有自己的設施、辦事機構、營運資金、分公司負責人，但大陸法律上分公司並不具有獨立的法人資格。也就是說，分公司以自己的名義開展各項業務，但最終的債務還是要由總公司承擔。所以，分公司的公章必須嚴格管理，避免分公司在總公司不知情的情況下欠下大量債務，或導致其他法律風險。

二、分公司經所在地工商局准予設立登記後，總公司應當在30日內持分公司營業執照副本，向總公司所在地的工商局申請辦理該分公司的備案手續。未及時備案，可能遭工商局處罰。

三、由於分公司是就地繳納營業稅和增值稅，因此台商在選擇是設立經營性分公司還是非經營性分公司時，應當考慮是否需要在當地開立發票和租賃倉庫。

四、總公司和異地分公司之間的定價問題，由於分屬兩個稅務主管機關管轄，所以總公司和分公司間的貨物流轉須按獨立企業的貨物買賣處理，也就是須繳納增值稅。

五、根據最新「跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法」，規定分公司須在其註冊經營地應當預繳所得稅，也就是改變分公司過去無須繳納所得稅的傳統，今後總公司和分公司的所得稅將實行「統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫」，也就是：

1. 總公司統一計算包括所有分公司的全部應納稅所得額、應納稅額。
2. 總公司、分公司所在地的主管稅務機關，都負有針對所得稅進行管理的權力。
3. 總公司、分公司應分月或分季，向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
4. 年度終了後，總公司負責進行所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總公司與分公司當年已就地分期預繳的企業所得稅款後，再進行稅款的多退少補。
5. 財政部定期將繳入中央國庫的跨地區總公司及分公司的所得稅待分配收入，按照核定係數調整至地方財政中。

最後，直接和分公司簽定勞動合同的員工，應當在分公司所在地繳納各項社會保險，而且依「社會保險登記管理暫行辦法」，分公司不僅應到所在地的社保局開立帳戶，還須為與分公司直接簽定勞動合同的員工繳納社保。