公允價值和歷史成本是會計中非常重要的計量屬性，但稅法強調的則是採用歷史成本計價原則，由於兩者遵循標準不同，最後必然要進行納稅調整，所造成的影響主要體現在金融工具、投資性房地產、企業合併、非貨幣性資產交換等四個層面。

一、公允價值對金融工具的納稅影響
新會計準則規定，以公允價值計量且其變動計入當期損益的金融資產，以某一會計期末的帳面價值為該時點的公允價值。根據財稅[2007]80號「國家稅務總局關於執行『企業會計準則』有關企業所得稅政策問題的通知」，資產持有期間市價變動損益在計稅時不予考慮，也就是該金融資產仍按取得成本計價，因此金融資產帳面價值與計稅基礎間的差異，需要進行納稅調整。

假設7月18日公司從二級市場購入股票100萬股，每股市價為15元人民幣（下同），初始計量時認定為交易性金融資產，12月31日公司仍持有該股，此時每股市價為16元，公司在年底按市價確認公允價值變動收益為100萬元〔（100萬×（16－15）〕，增加公司利潤。然而企業在所得稅納稅時，按80號文規定不確認此項收益，相應調減應納稅所得額100萬元。

二、公允價值對投資性房地產的納稅影響
對投資性房地產採用公允價值模式計量時，不對其計提折舊或攤銷，應當以資產負債表日的投資性房地產公允價值為基礎，進行帳面價值的調整，公允價值和原帳面價值之間的差額，應計入當期損益。而根據80號文的規定，對於投資性房地產，應按實際發生的成本計量。因此，公允價值變動損益在計算應納稅所得額時不予確認，應當進行納稅調整，也就是按歷史成本對投資性房地產進行計提折舊或攤銷，不確認公允價值變動損益。

假設甲公司為房地產經營企業，8月1日將剛竣工的一幢造價為9000萬元寫字樓出租給乙企業使用，甲公司對該投資性房地產採用公允價值計量。12月31日該寫字樓公允價值為9200萬元，甲公司於年底確認公允價值變動收益200萬元，也就是增加企業利潤。而按80號文規定不確認此項收益，相應調減應納稅所得額200萬元。同時根據稅法規定，該寫字樓出租期間的折舊金額100萬元〔9000÷（30年×12月）×4個月〕，可依規定在所得稅前扣除。

三、公允價值對非同一控制下企業合併的納稅影響
非同一控制下的企業合併，所支付的對價或承擔的負債，應當按照公允價值計量，公允價值與其帳面價值間的差額，應計入當期損益。而根據「國家稅務總局關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知」（國稅發[2000]118號）規定，非同一控制下的企業合併，被合併企業應按公允價值計算轉讓、處置資產所得，依法繳納所得稅。

四、公允價值對非貨幣性資產 交換的納稅影響
非貨幣性資產交換是指企業雙方主要以存貨、固定資產、無形資產等非貨幣性資產進行的交換行為。交換行為如果是具有商業實質的，會計準則以換入資產的入帳價值為基礎計算損益，而稅法則以換入資產的公允價值為基礎計算損益，當兩者不一致時存在納稅調整，並且該項調整將影響資產存續，及處置期間時的所得稅納稅調整。