台籍員工在大陸工作也必須適用大陸的勞動合同法，如果把台籍員工在大陸最常見的勞動爭議進行歸納，可從兩方面進行分析：一是台籍員工提起勞動爭議仲裁的「主體資格」問題；其次是正常薪資外沒有任何加班費的「責任制」，到底是不是合法有效？

對於「主體資格」問題，目前大陸勞動爭議處理機構常以是否辦理「就業證」，作為台籍員工到底是向勞動爭議仲裁機構提起勞動仲裁，還是向人民法院提起訴訟的依據。按規定，台籍員工在大陸就業須先向當地外國人就業管理部門申請辦理「就業證」，辦理「就業證」時，主管部門會要求用人單位提供與該台籍員工簽署的「勞動合同」，將來一旦發生勞動爭議，勞動爭議處理機構會以此作為認定台資企業與台籍員工建立勞動關係的依據，進而接受台籍員工提起勞動爭議仲裁的申請。如果企業沒有為台籍員工辦理「就業證」，則法律上就不具備在大陸就業資格，所以該台籍員工與台資企業間的雇傭關係，就會被定義成一般的民事勞務關係，也就是不存在勞動關係，勞動仲裁自然對所發生的爭議不予受理。此時，當事人只能直接以解決民事糾紛的作法，向有管轄權的法院提起訴訟，因為這種情況下是適用「合同法」，大陸法律的保護力度就只能取決於雙方的約定。

至於實務中常見的「責任制」，也就是以完成職責範圍內的任務為衡量薪資的標準，不是以工作時間長短來作為支薪依據，自然就沒有加班費的機制。按照大陸規定，用人單位高級管理人員如經官方批准實行不定時工作制，則用人單位是可以不支付加班工資，問題是大部分台資企業都是自己定義「責任制」，未經官方允許，萬一發生勞動爭議鬧到勞動爭議仲裁機構，則實施責任制卻未經官方批准，那最後還是得支付加班費。

對於這種情況，江蘇省特別在2006年的「江蘇省勞動仲裁案件研討會紀要」中明確指出，對於高級管理人員，原則上要申請不定時工作制後才可以不支付加班費；但從公平合理的原則出發，對於實行年薪制的企業高級管理人員，如雙方約定不再另行支付加班工資，仲裁委員會應予認可。雖然如此，台資企業仍須注意，要實施「責任制」不再支付額外加班費，須滿足下列三個條件：一、只適用在高級管理人員；二、薪資實行「年薪制」；三、勞動合同明確約定不支付加班費。

最後，「年薪制」雖然沒有明文定義，但實務中是指以年度為單位，日常每月只發放固定的基本薪資，年終依據企業生產經營績效來確定支付彈性薪酬。雖然高級管理人員的工作業績、經營成效，在年度終了前都無法事先預知，但企業高級管理人員最好在合同中清楚約定獲得年薪所須具備的條件，而不是僅就年薪金額進行約定。