外商無論是收購境內內資企業，或是將原控制的境內「人頭公司」收歸自己名下，其中股權轉讓款的確認與支付，都不像一般股權併購那樣允許自由約定。

一、股權轉讓價格的確定
為防止向境外轉移資本，按規定外商併購境內企業股權時，須聘請資產評估機構，對轉讓目標企業的股權價值進行評估，並以評估結果作為確定交易價格的依據，禁止以明顯低於評估價值的價格轉讓股權。實務中，即使是資不抵債的企業，也不得以零的價格進行轉讓。

二、資產變現專用帳戶開立及資金准入申請
不同於一般的股權轉讓，外商併購內資企業股權時，轉讓方應先申請開立資產變現專用外匯帳戶，然後再申請資金准入，這些步驟均應經所在地外匯局核准，銀行憑外匯局出具核准件辦理相應業務。

值得注意的是，開立資產變現專用外匯帳戶的前提，是目標公司（被收購內資企業）已進行外匯登記，而辦理外匯登記必須提交變更後的營業執照。因此，在股權轉讓協議中約定，以取得變更後的批准證書和營業執照，作為分期支付股權轉讓款的時間點，這時應注意該約定能否有效執行。

例如，外商購買境內公司股權時，股權轉讓協議約定取得批准證書之日起十日內支付首期股權轉讓款，但此時資產變現專用帳戶尚未開立，根本無法辦理資金入帳，如此一來該約定便無法執行，所以可將「資產變現專用外匯帳戶」的開立，作為一個付款的起始時間，或考慮目標企業取得變更營業執照所需時間，及考慮辦理外匯帳戶所需時間，再約定付款期限。

在開立資產變現專用外匯帳戶並申請資金准入後，股權轉讓方還應到其所在地外匯管理機關，辦理轉股收匯外資外匯登記，轉股收匯外資外匯登記的證明，是證明外商已繳付的股權收購對價已到位的有效文件。外商在付清全部股權購買對價前，在被收購企業中的所有者權益，將依照實際已支付股款的比例來確定，並據此辦理相關的轉股、減資、清算及利潤匯出等外匯業務。

三、股權轉讓款付款期限
外商在併購境內企業時，通常會傾向延長股權轉讓款付款的時間，來保障交易安全。但根據大陸法律，外商併購境內內資企業轉成外商投資企業時，外商應自外商投資企業營業執照頒發之日起三個月內，向轉讓股權的股東支付全部對價，特殊情況需要延長者，須經審批機關批准，並自外商投資企業營業執照頒發之日起六個月內，支付股款的60%以上，一年內須付清全部股款，並按實際繳付的出資比例確認收益分配。股權轉讓雙方都應注意上述付款期限限制，以防止轉讓約定合同與現行法律規定牴觸。