外商獨資貿易公司出口退稅剖析
之前貿易公司的增值稅專用發票、增值稅專用發票抵扣聯申報退稅分割單皆可作為退稅憑證，貿易公司辦理出口退稅時，目前稅務機關通常要求貿易公司購買貨物的增值稅發票與出口報關單的品種、內容必須一致，故在實務中很少看到「分割單」。另外非保稅區企業貨物銷往保稅區時，非保稅區企業不算出口，其應向區內企業開具增值稅專用發票。只有區內企業將貨物真正離境才算出口，並由區內企業向稅務機關辦理出口退稅。
出口退稅是保稅區內設獨資貿易公司的外商非常關心的另一重點。大陸的出口退稅，是指企業出口貨物時，返還貨物出口前的生產、或採購過程中實際承擔的增值稅，這些之前已經繳付給稅務單位的增值稅，可以按照官方規定，依不同產品不同退稅稅率，經核准後退還給交易過程中最後出口的企業。這種出口退稅是大陸政府鼓勵貨物出口的主要獎勵措施。
1997年中共財政部及國家稅務總局「關於出口貨物稅收若干問題的補充通知」明白指出，保稅區內企業從區外買進貨物，保稅區外的供貨企業，應該向保稅區內進貨企業提供「增值稅稅收專用繳款書」或「分割單」（注釋1：增值稅專用發票抵扣聯申報退稅分割單是用於分割外貿企業購進出口貨物未出口部分的增值稅專用發票和專用繳款書，以便於出口貨物退稅管理的合法憑證。由於企業目前開具增值稅專用發票非常方便，貿易公司辦理出口退稅時，稅務機關通常要求貿易公司購買貨物的增值稅發票與出口報關單的品種、內容必須一致，故在實務中很少看到「分割單」），作為出口退稅用,保稅區內企業直接出口區外買進的貨物，或加工後再出口，保稅區內的企業憑這些「專用繳款書」或「分割單」，加上：運往保稅區的進境貨物備案清單、從保稅區報關離境的出境貨物備案清單、結匯水單及其他有關憑證, 就可以向主管機關申請辦理退稅。
這些規定，原則上說明保稅區內外商獨資貿易公司可以辦理出口退稅，不過外商應另外注意兩點：一、依中共財政部及國家稅務總局聯合發布的「出口貨物退（免）稅若干問題規定」，對非保稅區企業貨物銷往保稅區時，如果貨物僅停留在保稅區，沒有離開大陸，不算出口，外商不能辦退稅，只有該批貨物真正離境才算出口，此時檢附前述文件即可申請出口退稅。（注釋2：外商獨資貿易公司取得進出口權且向稅務機關辦理出口退稅登記後，出口貨物可自行辦理出口退稅。）
二、出口貨物必須經由保稅區「兩次報關」，才可辦理退稅（注釋3：根據財政部、稅務總局《關於出口貨物勞務增值稅和消費稅政策的通知》（財稅〔2012〕39號）第一條第二項第2款規定：企業出口到特殊區域的貨物准予辦理出口退稅，特殊區域含綜合保稅區，不含保稅區）。兩次報關是指非保稅區的貨物運往保稅區，貨物在進到保稅區時必須先報關一次，貨物實際離境運往國外時，須向海關再申請一次出口報關，即第二次報關，唯有完成兩次程序，才具備申請出口退稅的資格。由於大陸過去出口騙稅非常頻繁，官方對出口退稅的企業資格、操作程序及應提交的文件都有嚴格要求，以上海的外高橋保稅區對保稅區內企業的出口退稅為例，下列重點是外商在退稅操作過程中要留意的問題。
1、出口退稅登記：貿易公司要退稅，首先要做的是出口退稅登記。依規定，貿易公司應從營業執照批准之日起30天內，向所在地的退稅主管機關，外高橋保稅區中的退稅主管機關是上海出口退稅管理處，沒有辦理退稅登記的出口企業，稅務機關不允許辦理出口退稅，這點實務上常發生問題，因外商在上海不能自己送件成立獨資企業，也就不能自己辦理在外高橋保稅區成立獨資貿易公司的流程，必須交由上海市政所指定具有外商項目代理資格的代理機構代辦，但因代理機良莠不齊，造成很多外商申請成立獨資貿易公司時，忽略出口退稅此一重要環節，造成日後實際作業的困擾。
2、須配備專職或兼職辦理出口退稅的人員，辦理出口退稅業務：外商獨資貿易公司辦理出口退稅，不是任何人都可辦理，而須指派專人負責，依規定，人選應該經過稅務機關培訓並考試後，取得〈辦稅員證〉，才能實際負責此項業務，沒有〈辦稅員證〉的人，不可辦理出口退稅業務。
3、須單獨設立出口貨物銷售的明細帳：因退稅機關進行退稅審核時，會核對企業銷售的明細帳與銷貨的發票，所以企業核算出口貨物時，應單獨設立帳簿詳實紀錄，這點也是退稅機關對貿易公司辦理出口退稅的基本要求。
4、申請退稅：退稅採先徵後退辦法，每月辦理一次。外商到負責退稅的機關申請退稅時，應提交下列文件：出口貨物購進時的增值稅發票；開具該增值發票的稅務機關提供的增值稅專用繳款書或是相應的分割單；銷貨合同；出口銷貨發票；經外匯管理局核銷的出口「收匯核銷單」；進境貨物備案清單；出境貨物備案清單；退稅機關要求提供的其他文件。