動遷補償新規增加台商稅務成本
專欄所述大陸企業搬遷的稅務總局2012年第40號公告目前仍然適用，搬遷期間可以暫不將搬遷所得計入當期應納稅所得額；在搬遷規劃已基本完成或當年生產經營收入占規劃搬遷前年度生產經營收入50％以上的年度，將搬遷所得計入當年度企業應納稅所得額計算納稅，最晚不得超過五年（包含搬遷當年度）。若為搬遷損失，企業既可在搬遷完成年度一次性作為損失進行扣除，也可自搬遷完成年度起分三個年度在稅前均勻扣除，上述方法一經選定，不得改變。
「動遷」在兩岸代表著不同的意思。在台灣，動遷是件煩心事；但在大陸，不管是工廠還是民宅，動遷卻幾乎和中獎沒什麼差別。大陸台商雖因大環境經濟不佳導致業務下滑，但也有不少台商因地方政府動遷補償而獲利匪淺，近期大陸官方調整動遷補償收入的稅務政策，將大幅降低台商因動遷補償的獲利。
大陸國稅總局於2012年8月10日發布了所謂40號公告，針對政策性搬遷的所得稅問題提出新解，並在(1)政策性搬遷類型；(2)搬遷收入；(3)搬遷支出；(4)搬遷資產稅務處理；(5)搬遷清算時點；(6)搬遷損失；(7)搬遷完成判斷依據；(8)累計虧損彌補；(9)主管稅務機關；(10)申報材料要求等方面，全面重新定義2009年國家稅務總局的118號文。其中，台商最該關心的是40號公告規定，因動遷而重置資產或購買新土地的支出，未來將不得從動遷補償收入中扣除，也就是過去台商常拿動遷補償款來支付新土地的土地款，或是在新土地上重建廠房、購買新設備等費用，未來這部分都不可在動遷補償收入稅前抵扣，這樣一來，動遷補償款將要繳納當期的企業所得稅，不再享受過去的免稅待遇。
舉例來說，假設某企業從政府取得動遷補償款5,000萬元，購買新土地和蓋廠房，添購新設備等共花了2,500萬元，又因動遷要安置員工花了1,000萬元，按照舊的118號文，這個企業因動遷補償款所造成的應納稅所得額為1,500萬元（5,000萬－2,500萬－1,000萬），也就是動遷補償款要繳納的企業所得稅為375萬元（1,500萬×25％）。
但現在因118號文作廢，按最新的40號公告處理，這筆動遷補償款的應納稅所得額為將大幅上升到4,000萬元（5,000萬－1,000萬），因為其中的固定資產和土地支出2,500萬元不能稅前列支，該企業最後因此筆動遷補償款將支付1,000萬元的企業所得稅（4,000×25％），也就是說40號文將使該企業多繳625萬元的企業所得稅。
雖然40號公告要求截止至2012年10月1日已搬遷但尚未最後完成的企業，按照新辦法執行，且新辦法生效年度前已完成搬遷，或已按原規定進行納稅的企業，都不再進行稅務調整，這對已完成拆遷動作、尚未進行稅務清算的企業來說非常不利，但從最近上海、昆山等地稅務機關實務處理動遷補償收入的稅務問題來看，這兩地稅務機關都允許台商可自由選擇，到底是要按2009年的118號文提供發票單獨進行稅務核算，還是要按2012年的40號文規定，新購土地及重置固定資產不作為動遷補償款稅前列支，表示大陸稅務機關現階段對動遷補償款的納稅問題在執法上仍有空間。（注釋：根據國稅總局於2013年3月發布的《關於企業政策性搬遷所得稅有關問題的公告》（稅務總局公告2013年第11號）：凡在國家稅務總局2012年第40號公告生效前已經簽訂搬遷協議且尚未完成搬遷清算的企業政策性搬遷項目，企業在重建或恢復生產過程中購置的各類資產，可以作為搬遷支出，從搬遷收入中扣除。但購置的各類資產，應剔除該搬遷補償收入後，作為該資產的計稅基礎，並按規定計算折舊或費用攤銷。反之，在40號公告出台後簽訂的搬遷協議，購置資產支出一律不得從搬遷收入中扣除，但購置的各類資產計提的折舊可在各年度稅前扣除。）