設立子公司風險比分公司要低
分公司不具備獨立法人資格，引發的所有法律問題最後都是由總公司負起全責，若大陸台資企業的內控內稽不是非常健全、有效，選擇設立子公司的風險反而低於分公司。若新設機構的初期可能會虧損，考慮到總、分公司合併納稅，選擇設立分公司有利於降低稅款支出；若新設機構的初期可能會盈利，選擇設立子公司可以享受小型微利企業的優惠政策。企業應從內控內稽、經營規模、稅務等角度綜合評估，選擇出有利新設機構發展的投資模式。
台商從境外到大陸投資，除了極少數是設立「辦事處」外，絕大部分都是以「子公司」法律主體模式進入大陸市場，但一如之前專欄所分析，隨著人民幣升值或是在大陸掛牌等其他因素，越來越多台商把投資架構中的控股公司由境外移往大陸境內，也就是以在大陸已經設立的台資企業為主體，在大陸境內進行跨省市投資，和上述從境外進到大陸投資相同，法人主體除了傳統的子公司可選擇外，分公司也可被納入考慮。
就像「子公司」相對應於「母公司」，「分公司」相對應於「總公司」，分公司目前在大陸有兩種型態，一種是取代過去的辦事處，用來連絡溝通不從事實際業務行為，通稱為「非經營性分公司」；而真正可以開發票，或是對外承攬業務的分公司型態則稱為「經營性分公司」。
實務中經營性分公司又可依是只從事銷售，還是以生產為主要經營模式，再區分為銷售型分公司或是生產型分公司。目前台資企業在大陸所設立的分公司多是以銷售為主要目的，也就是在各省市廣設銷售據點，為了服務客戶或接近市場。
至於生產型分公司就是一般所謂的「分廠」，雖然設立分廠性質的生產型分公司有許多好處，但由於地方招商單位不喜歡分公司型態，往往會在購買土地等方面為分廠設置很多行政障礙，使台資企業最後不得不走回設立子公司的老路。
在大陸進行境內投資布局，如果是以境外母公司合併報表角度來分析，不管是在大陸設立子公司還是分公司，合併報表最終的結果都一樣；但若是以法律風險來分析，那設立分公司還是子公司就有很大的差別。
子公司是獨立法人主體，有能力承擔法律上所有的權利或義務，出資方的母公司只是股東角色，僅對出資部分負有限責任，所以一旦子公司有任何糾紛或訴訟，不會牽連到母公司身上；相對的，由於分公司不具備法人資格，也無法承擔法律責任，因此分公司所引發的所有法律問題最後都是由總公司負起全責，如果以防火牆角度來看，子公司具備完全防火牆功能，分公司對總公司來說則有極大法律風險。
所以即使分公司擁有不須資金到位及設立流程方便等優點，但如果台資企業的內控內稽還未成熟，那在大陸廣設分公司就會有其風險存在，特別是在分公司公章管理上更須嚴加把關。
因為大陸是認「章」不認人，公章即代表企業的法律意志，也是法律上所認可的承諾，分公司的公章蓋在任何地方，在大陸法律意義上來看就等同於是總公司的有效承諾，也就是要由總公司負責。
實務中就發生過分公司人員循私舞弊，拿著分公司公章進行各種不法行為，最後連累總公司的結果，這也是在大陸進行佈局前，到底是要以分公司型態為主，還是以子公司模式為主，甚至是分公司、子公司依不同情況交叉運用，都是台資企業必須先深思熟慮的重點。