外商合併境外子公司可降低被查稅風險
稅務機關重點關注具有關聯交易金額較大；存在長期虧損、微利或者跳躍性盈利；低於同行業利潤水準；利潤水準與其所承擔的功能風險不相匹配，或者分享的收益與分攤的成本不相配比等風險特徵的企業。對於實際稅負相同的境內關聯方之間的交易，只要該交易沒有直接或者間接導致國家總體稅收收入的減少，原則上不作特別納稅調整。如若25％稅率的企業與15％稅率的高新技術企業之間的關聯交易價格不公允，則存在查稅並被特別納稅調整的風險。
關係企業合併是目前外商最熱衷用以減少被認定有關聯交易做法的方式。透過企業合併，除可使因關聯交易被查稅的機率大幅降低外，也可以減少被認定保稅原料或海關監管設備的情況。
外商關係企業合併，更多為了財務管理成本核算精確及財務報表美化以取得更好的銀行貸款條件，甚至有不少外商進行關係企業合併，是為了在大陸A股上市過程中，規避北京證監會嚴格的「競業限制」條款，即同一投資方不得擁有與上市主體相同產品或從事類似行業的其他法人，這些都使外商必須進行關係企業合併。
昆山、蘇州、東莞一帶台商，很多是在同一廠區地址中、同時註冊多家企業，也就是在一個大門內、同一個台灣老闆卻註冊登記了多家公司，這種情況主要是台商在享受完二免三減半（獲利前兩年免所得稅，後三年減半徵收）的所得稅優惠期限後，希望藉成立新企業，重新享受所得稅優惠的好處。但台商忽略了這種規劃很可能因為被認定為關聯交易引來稅務上所得稅及關稅上的風險。
另一方面，有更多外資企業為了接近大陸廣大市場設立多家工廠，以便就近供貨並深耕市場，而跨地域成立屬於境外相同投資方的關係企業；有些外商是要進行企業間從原物料取得到產成品銷售的垂直整合，及產品種類橫向擴充的平行整合等，都是外商設立多家企業的主因。
其他像是為了規避過去3,000萬美元以上投資額須到國務院外經貿部（現改為商務部）審批的麻煩，或應付外國政府一些特殊規定的黑名單風險，例如美國藥品食品監督管理局的嚴格審查機制等，都有類似考量。
最無奈的是，大陸一些開發區管理委員會要求區內已設立公司的外商，再取得新土地進行擴廠的前提是，外商必須設立新企業，好讓資金重新從境外驗資到位，因為與外商以原來企業增資或盈餘購買土地相較，開發區管理委員會的招商業績好看些。不少外商在這種背景下，註冊成立一家新公司以取得土地，自然形成日後多子多孫的關係企業及關聯交易。
正因為這些牽扯不清的關係企業及關聯交易，使外商不斷被當地稅務機關相中，形成設立的公司越多，稅務風險也就越高的窘境。這其中又以同一廠區中註冊成立多家企業，且都屬於同一股東的外商最危險。
大陸國家稅務總局行文給各地稅務局，關於「關聯企業間業務往來稅務管理規程通知」中，對「重點查稅對像」有清楚定義，明確要求各地稅務局嚴查具有以下七種情況的外商：一、決策權受控制；二、單一對像的進貨或銷貨金額過大；三、二年以上長期虧損的企業；四、利潤微薄或虧損，但企業規模卻不斷擴大；五、毛利率忽高忽低；六、與境外公司往來密切；七、優惠期限期滿後利潤忽然降低。（注釋：《關聯企業間業務往來稅務管理規程》（國稅發〔1998〕59號），已被2009年1月8日稅務總局發布的《特別納稅調整實施辦法（試行）》（國稅發〔2009〕2號）（2008年1月1日實施）廢止。
國稅發〔2009〕2號文第五章「轉讓定價調查及調整」中第二十九條規定：
轉讓定價調查應重點選擇以下企業：
（一）關聯交易數額較大或類型較多的企業；
（二）長期虧損、微利或跳躍性盈利的企業；
（三）低於同行業利潤水準的企業；
（四）利潤水準與其所承擔的功能風險明顯不相匹配的企業；
（五）與避稅港關聯方發生業務往來的企業；
（六）未按規定進行關聯申報或準備同期資料的企業；
（七）其他明顯違背獨立交易原則的企業。
之後，2017年3月17日，稅務總局發布《特別納稅調查調整及相互協商程序管理辦法》（稅務總局公告2017年第6號），自2017年5月1日起實施，其廢止了國稅發〔2009〕2號文中第五章的相關規定，並於本公告第四條規定：
稅務機關實施特別納稅調查，應當重點關注具有以下風險特徵的企業：
（一）關聯交易金額較大或者類型較多；
（二）存在長期虧損、微利或者跳躍性盈利；
（三）低於同行業利潤水準；
（四）利潤水準與其所承擔的功能風險不相匹配，或者分享的收益與分攤的成本不相配比；
（五）與低稅國家（地區）關聯方發生關聯交易；
（六）未按照規定進行關聯申報或者準備同期資料；
（七）從其關聯方接受的債權性投資與權益性投資的比例超過規定標準；
（八）由居民企業，或者由居民企業和中國居民控制的設立在實際稅負低於12.5％的國家（地區）的企業，並非由於合理的經營需要而對利潤不作分配或者減少分配；
（九）實施其他不具有合理商業目的的稅收籌畫或者安排。）
最特別的是，國家稅務總局要求各地稅務局每年要查稅所屬區域內，符合以上七種情況外商數量的30％，並將查稅結果上報國家稅務總局。外商被查稅絕不是運氣不好造成，很高比率是因自己眾多關係企業的關聯交易造成，沒有關係企業自然就沒有關聯交易，因此，透過關係企業合併徹底解決關聯交易被查稅的風險，將是已成立多家關係企業的外商不得不採取的應對之道。